このコードはhttps://github.com/ellisdg/3DUnetCNN (MIT License, Copyright (c) 2017 David G Ellis) の3D U-NetをTFLMS(TensorFlow Large Model Support)で出来るように改変したものです。
Code is adapted from https://github.com/ellisdg/3DUnetCNN (MIT License, Copyright (c) 2017 David G Ellis) for TFLMS.
*元々のKerasのコードをtf.kerasでの実装に変更しました。
*The original Keras code is changed to a tf.keras implementation.
IBMのTensorFlow Large Model Support version 1を使用しています。
詳細はhttps://github.com/IBM/tensorflow-large-model-support/tree/tflmsv1
参考記事:https://qiita.com/takeajioka/items/22b3a6d1a2b72b649ce7
Main_LMS.pyで画像のパスやwindow sizeなどのパラメータを調整して実行
export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true
python Main_LMS.py
Main.pyはTFLMSを使わないスクリプト(比較のために用いる)
python Main.py
*Main_UMy.pyはUnified Memoryを使用するスクリプト(おまけ)
python Main_UM.py
環境:RTX2080(8GB)のGPU + メインメモリ32GBの場合
TFLMSなし「Main.py」 → TFLMSあり「Main_LMS.py」 (batch size = 8)の比較において
window size:(48, 48, 48) → (56, 56, 56)まで解像度が向上
Anaconda
Python 3.6
tensorflow-gpu==1.14.0(for CUDA 10.0) or 1.10.0(for CUDA 9.0)
tensorfow-lms== 0.1.0 (for TFLMS)
keras==2.3.1
tifffile==2020.2.16
Takehiro Ajioka
E-mail:[email protected]