diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf index ec8e8e20ba2..aa1708e5d9c 100644 --- a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf +++ b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf @@ -41,8 +41,8 @@ 20 10002099 . C T 1215.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=3.528;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.46;MQRankSum=-0.850;QD=18.70;ReadPosRankSum=0.173;SOR=0.375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:1223,0,844 20 10002138 . C G 2113.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.64;QD=26.00;SOR=0.730 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,53:53:99:2127,159,0 20 10002142 . G C 2003.06 . 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AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.599;DP=53;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.72;MQRankSum=1.910;QD=30.48;ReadPosRankSum=0.694;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,49:50:99:1538,118,0 +20 10008921 . C CA 283.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.610;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=1.311;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.00;MQRankSum=-1.306;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.017;SOR=0.644 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:291,0,366 +20 10008948 . TA T 663.02 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.090;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.58;MQRankSum=0.565;QD=23.68;ReadPosRankSum=0.403;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:29:677,29,0 +20 10008952 . CACACACACACA CCACACACACA,C 766.97 . AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=58;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=51.40;MQRankSum=0.426;QD=25.57;ReadPosRankSum=0.125;SOR=0.473 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,12,16:30:99:802,564,583,218,0,925 20 10009227 . A G 1390.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.220;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=9.110;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.82;MQRankSum=1.428;QD=22.43;ReadPosRankSum=-1.159;SOR=0.281 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,39:62:99:1398,0,740 -20 10009246 . A G 3017.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;QD=29.09;SOR=0.887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3031,231,0 -20 10009400 . T A 3013.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=26.08;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:3027,223,0 -20 10009512 . C G 3054.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;QD=33.85;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3068,231,0 +20 10009246 . A G 3017.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=55.68;QD=26.08;SOR=0.887 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3031,231,0 +20 10009400 . T A 3013.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=33.85;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,74:74:99:3027,223,0 +20 10009512 . C G 3054.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.53;QD=27.08;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:3068,231,0 20 10009719 . A G 1901.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.71;QD=33.35;SOR=1.047 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,57:57:99:1915,170,0 -20 10009795 . A G 1921.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;QD=27.08;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1935,141,0 -20 10009844 . G A 1703.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=3.297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQRankSum=2.656;QD=25.42;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1717,113,0 +20 10009795 . A G 1921.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.62;QD=25.42;SOR=1.514 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1935,141,0 +20 10009844 . G A 1703.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=3.297;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.01;MQRankSum=2.656;QD=27.65;ReadPosRankSum=-1.079;SOR=0.499 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,46:47:99:1717,113,0 20 10009871 . A G 1326.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=5.432;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.86;MQRankSum=0.468;QD=24.57;ReadPosRankSum=1.080;SOR=0.620 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,45:54:20:1334,0,20 20 10009875 . A G 1404.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.365;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=31.135;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.42;MQRankSum=-0.433;QD=27.53;ReadPosRankSum=-0.052;SOR=1.193 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,43:51:76:1418,76,0 20 10009879 . A G 1491.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.034;DP=52;ExcessHet=0.0000;FS=8.236;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.39;MQRankSum=0.347;QD=30.43;ReadPosRankSum=1.801;SOR=0.948 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,44:49:99:1505,114,0 20 10009883 . A G 1582.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.900;DP=50;ExcessHet=0.0000;FS=8.491;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.14;MQRankSum=2.036;QD=33.66;ReadPosRankSum=1.028;SOR=1.171 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,45:47:99:1596,128,0 20 10010393 . T G 1485.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.351;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=11.600;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.42;MQRankSum=-1.284;QD=18.81;ReadPosRankSum=-1.738;SOR=0.606 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1493,0,1230 20 10010536 . G GA 2455.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=92;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.74;QD=30.69;SOR=0.850 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,80:80:99:2469,240,0 -20 10010766 . T G 2426.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=27.65;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2440,199,0 -20 10010832 . T C 2966.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;QD=29.48;SOR=1.091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2980,226,0 +20 10010766 . T G 2426.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=29.48;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2440,199,0 +20 10010832 . T C 2966.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.51;QD=30.56;SOR=1.091 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,75:75:99:2980,226,0 20 10011075 . C T 1346.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.364;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=1.800;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.22;ReadPosRankSum=-1.036;SOR=0.968 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1354,0,1333 -20 10011309 . T C 2707.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=30.56;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2721,231,0 -20 10011666 . C T 2976.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;QD=33.63;SOR=1.103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2990,220,0 -20 10011939 . C T 2603.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.15;QD=30.55;SOR=1.306 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2617,193,0 -20 10012362 . G T 850.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;QD=32.62;SOR=4.003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:864,69,0 +20 10011309 . T C 2707.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=33.63;SOR=1.223 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,77:77:99:2721,231,0 +20 10011517 . GA G 519.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.298;DP=98;ExcessHet=0.0000;FS=6.289;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=2.190;QD=6.84;ReadPosRankSum=1.026;SOR=0.263 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:76:99:527,0,876 +20 10011666 . C T 2976.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=74;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;QD=30.55;SOR=1.103 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2990,220,0 +20 10011939 . C T 2528.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=66;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.55;QD=32.62;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,62:62:99:2542,187,0 +20 10012021 . CA C 2000.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.12;QD=30.30;SOR=1.196 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2014,198,0 +20 10012362 . G T 850.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.31;QD=29.33;SOR=4.003 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,23:23:69:864,69,0 20 10012384 . T C 250.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.773;DP=18;ExcessHet=0.0000;FS=7.375;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.38;MQRankSum=-0.811;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.800;SOR=0.044 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:258,0,355 20 10012387 . T C 399.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=53.38;QD=24.94;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:46:413,46,0 20 10012479 . A G 507.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.29;QD=29.83;SOR=0.804 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:50:521,50,0 -20 10012498 . C G 406.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.15;QD=29.33;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:420,33,0 -20 10012518 . T C 407.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=43.58;QD=35.36;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:421,33,0 -20 10012521 . C T 92.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DP=12;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.86;MQRankSum=-0.376;QD=7.72;ReadPosRankSum=2.093;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:100,0,223 -20 10012570 . G GCA 434.02 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.42;QD=34.30;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:448,30,0 -20 10012573 . T G 195.05 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=41.49;QD=17.73;SOR=3.442 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:26:209,26,0 -20 10012631 . C CG 514.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.659;DP=21;ExcessHet=0.0000;FS=8.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQRankSum=-1.670;QD=24.50;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:522,0,237 -20 10012636 . G C 397.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.575;DP=22;ExcessHet=0.0000;FS=5.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQRankSum=-1.513;QD=18.07;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:405,0,294 -20 10012714 . G C 1315.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;QD=27.00;SOR=2.964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1329,105,0 +20 10012498 . C G 392.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.15;QD=35.36;SOR=1.270 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33:406,33,0 +20 10012518 . T C 440.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=42.64;QD=34.30;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36:454,36,0 +20 10012521 . C T 89.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DP=13;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=40.07;MQRankSum=-0.224;QD=6.90;ReadPosRankSum=2.125;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:97:97,0,247 +20 10012570 . G GCA 406.02 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=39.52;QD=27.00;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30:420,30,0 +20 10012572 . GT G 295.01 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=40.60;QD=32.78;SOR=3.056 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27:309,27,0 +20 10012631 . C CG 407.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DP=21;ExcessHet=0.0000;FS=8.822;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.34;MQRankSum=-1.670;QD=19.41;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.048 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:415,0,237 +20 10012636 . G C 397.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DP=22;ExcessHet=0.0000;FS=5.959;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.93;MQRankSum=-1.513;QD=18.07;ReadPosRankSum=-1.777;SOR=0.058 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:405,0,175 +20 10012714 . G C 1315.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.52;QD=30.82;SOR=2.964 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1329,105,0 20 10012751 . T C 952.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=31;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.73;QD=31.74;SOR=0.976 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:89:966,89,0 20 10013119 . C T 1032.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.724;DP=61;ExcessHet=0.0000;FS=2.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.43;MQRankSum=-1.089;QD=17.50;ReadPosRankSum=0.159;SOR=0.405 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:1040,0,936 20 10013574 . G A 1071.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=7.109;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.17;MQRankSum=-0.271;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.706;SOR=1.675 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:1079,0,1301 +20 10014990 . C CAT 1267.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.930;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=2.076;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.88;MQRankSum=3.260;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.311;SOR=0.429 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,39:77:99:1275,0,1247 20 10015679 . C T 161.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DP=10;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.497;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:169,0,166 20 10015761 . T C 365.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DP=23;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.99;MQRankSum=1.294;QD=16.62;ReadPosRankSum=1.805;SOR=0.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:373,0,284 20 10018158 . G C 1660.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.213;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=0.808;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.80;MQRankSum=1.118;QD=18.87;ReadPosRankSum=1.179;SOR=0.834 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,48:88:99:1668,0,1165 @@ -123,23 +132,29 @@ 20 10024294 . C T 189.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.772;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=64.013;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.67;MQRankSum=-4.001;QD=3.01;ReadPosRankSum=2.236;SOR=5.667 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,16:63:99:197,0,1450 20 10026357 . T C 1187.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.700;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=8.911;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.43;MQRankSum=-0.148;QD=18.85;ReadPosRankSum=-0.076;SOR=0.722 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:1195,0,932 20 10026794 . C T 1105.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.828;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=2.399;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.59;MQRankSum=-0.719;QD=21.26;ReadPosRankSum=-0.533;SOR=0.428 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:1113,0,529 +20 10027234 . A ATTAG 1350.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=3.248;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.44;MQRankSum=-0.845;QD=19.57;ReadPosRankSum=-0.510;SOR=0.926 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:1358,0,1320 20 10027868 . A G 1324.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.793;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=6.868;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=0.032;QD=14.88;ReadPosRankSum=1.872;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1332,0,1512 20 10027872 . A G 1539.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-5.491;DP=88;ExcessHet=0.0000;FS=8.870;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=0.101;QD=18.11;ReadPosRankSum=1.053;SOR=0.826 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1547,0,1439 +20 10028867 . A ATG 1137.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DP=93;ExcessHet=0.0000;FS=4.652;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.68;MQRankSum=2.711;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.630;SOR=0.336 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,39:71:99:1145,0,915 20 10030188 . T A 1393.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=82;ExcessHet=0.0000;FS=9.186;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.49;MQRankSum=-1.013;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.553;SOR=1.105 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1401,0,1524 20 10031254 . A AT 1493.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DP=90;ExcessHet=0.0000;FS=9.250;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.91;MQRankSum=0.017;QD=17.57;ReadPosRankSum=0.663;SOR=0.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,47:85:99:1501,0,1159 20 10031342 . G A 1855.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.833;DP=93;ExcessHet=0.0000;FS=1.714;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.75;MQRankSum=-0.866;QD=19.95;ReadPosRankSum=-0.012;SOR=0.955 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,52:93:99:1863,0,1375 -20 10031798 . G A 4311.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;QD=30.82;SOR=0.900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:4325,313,0 +20 10031798 . G A 4311.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=107;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;QD=29.27;SOR=0.900 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,104:104:99:4325,313,0 20 10031827 . C T 2025.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DP=115;ExcessHet=0.0000;FS=4.729;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.84;MQRankSum=-0.945;QD=18.76;ReadPosRankSum=-1.396;SOR=0.382 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,56:108:99:2033,0,1798 20 10032094 . G A 1241.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.488;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=6.039;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.579;SOR=0.260 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:1249,0,1497 20 10032413 . T G 890.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.142;DP=66;ExcessHet=0.0000;FS=10.444;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=-0.065;QD=13.49;ReadPosRankSum=-1.003;SOR=1.293 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:898,0,1277 20 10032882 . A T 1223.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=4.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-1.014;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.626;SOR=0.338 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,36:75:99:1231,0,1406 +20 10032972 . C CAT 1152.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.354;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=5.062;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.66;MQRankSum=-1.017;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.723;SOR=1.300 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:1160,0,1295 20 10034306 . T C 803.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.661;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=0.890;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.48;MQRankSum=1.150;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.539;SOR=0.685 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,29:75:99:811,0,1593 -20 10037037 . C T 1457.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.504;DP=88;ExcessHet=0.0000;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.193;QD=18.00;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1465,0,1124 -20 10037110 . T TGATA 2455.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.84;QD=29.27;SOR=1.061 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,55:55:99:2469,165,0 +20 10036930 . CGATAGCCCTAGCCCTAGATA C 1069.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=13.351;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.33;MQRankSum=-3.973;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.460;SOR=0.256 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:1077,0,1441 +20 10037037 . C T 1453.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.504;DP=88;ExcessHet=0.0000;FS=1.943;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.08;MQRankSum=-1.193;QD=17.95;ReadPosRankSum=-1.609;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,42:81:99:1461,0,1127 +20 10037110 . T TGATA 1196.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.089;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=16.682;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.24;MQRankSum=5.270;QD=24.42;ReadPosRankSum=4.165;SOR=1.122 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,36:49:99:1204,0,402 +20 10037144 . T TGATAGATA 667.01 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.744;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=13.898;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.44;MQRankSum=-5.852;QD=8.55;ReadPosRankSum=2.953;SOR=1.320 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1428,0,1388 20 10037709 . A T 1024.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.68;MQRankSum=0.934;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.040;SOR=0.608 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:1032,0,1354 20 10039371 . T G 1345.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.260;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=6.144;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=0.391;SOR=1.031 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1353,0,1194 -20 10040772 . C CT 1990.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.53;QD=28.84;SOR=0.844 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,69:69:99:2004,207,0 -20 10040821 . T A 1111.96 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=50.40;MQRankSum=-1.355;QD=26.48;ReadPosRankSum=1.979;SOR=0.436 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,39:42:16:1126,16,0 +20 10040772 . C CT 2020.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=52.32;QD=28.86;SOR=0.811 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:2034,210,0 +20 10040812 . AT A 2008.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=51.21;QD=29.97;SOR=0.784 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,67:67:99:2022,202,0 +20 10040821 . T A 1204.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=0.872;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.33;MQRankSum=0.265;QD=16.28;ReadPosRankSum=-2.132;SOR=0.573 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:1212,0,814 20 10041304 . C T 2780.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.39;QD=35.92;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,68:68:99:2794,204,0 20 10041701 . A ATATG 2854.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.731;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=5.755;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.93;MQRankSum=1.185;QD=29.63;ReadPosRankSum=0.347;SOR=0.107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,73:76:99:2868,178,0 20 10042319 . C T 2673.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.06;QD=28.76;SOR=1.033 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,66:66:99:2687,199,0 @@ -149,15 +164,17 @@ 20 10044849 . A G 2106.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.61;QD=28.86;SOR=1.316 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2120,177,0 20 10045078 . G T 3286.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;QD=29.41;SOR=0.876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3300,244,0 20 10045642 . G C 3127.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=82;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.77;QD=31.11;SOR=0.821 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3141,243,0 +20 10046178 . AAGAAAGAAAG A 2136.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=48.77;QD=34.66;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,49:49:99:2150,149,0 20 10046537 . A G 840.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.909;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=3.724;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.50;MQRankSum=0.395;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.727;SOR=1.262 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:848,0,902 20 10050828 . T C 1248.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.704;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=2.887;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.54;MQRankSum=0.892;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.140;SOR=0.521 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,37:86:99:1256,0,1768 20 10051448 . T C 1155.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DP=71;ExcessHet=0.0000;FS=3.687;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-1.404;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.705;SOR=0.302 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:1163,0,1150 20 10052688 . C A 1083.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.180;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=3.135;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.78;MQRankSum=0.870;QD=14.07;ReadPosRankSum=1.443;SOR=0.379 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,32:77:99:1091,0,1645 20 10058022 . T C 996.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.346;DP=72;ExcessHet=0.0000;FS=0.920;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=0.466;QD=14.66;ReadPosRankSum=0.018;SOR=0.849 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:1004,0,1261 -20 10067090 . C A 1820.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=57.70;QD=34.66;SOR=0.919 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1834,141,0 -20 10067264 . G A 2937.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;QD=29.40;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2951,219,0 -20 10067722 . A C 2161.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=36.76;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2175,163,0 -20 10068172 . G A 480.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.45;QD=30.54;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39:494,39,0 +20 10067049 . TAAAAAAA T 672.99 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.095;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.77;MQRankSum=-0.381;QD=33.65;ReadPosRankSum=-1.280;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:23:687,23,0 +20 10067090 . C A 2010.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=54.93;QD=29.40;SOR=0.767 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2024,161,0 +20 10067264 . G A 2937.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;QD=36.76;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,73:73:99:2951,219,0 +20 10067722 . A C 2161.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=59;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=30.54;SOR=0.846 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,54:54:99:2175,163,0 +20 10068172 . G A 532.04 . AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DP=18;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=56.04;MQRankSum=-0.309;QD=31.30;ReadPosRankSum=-0.436;SOR=0.481 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:25:546,25,0 20 10068981 . G A 2444.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=21.53;SOR=0.950 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,59:59:99:2458,178,0 20 10070602 . T C 2706.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.78;QD=34.87;SOR=0.749 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,72:72:99:2720,216,0 20 10070936 . T A 3330.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=58.96;QD=31.04;SOR=0.876 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,81:81:99:3344,244,0 @@ -168,15 +185,17 @@ 20 10072505 . A G 2114.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=60.00;QD=33.03;SOR=0.822 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2128,191,0 20 10074187 . A G 3116.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.14;QD=25.57;SOR=0.881 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,79:79:99:3130,238,0 20 10074240 . T C 3421.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.79;QD=33.11;SOR=0.922 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,85:85:99:3435,255,0 -20 10074716 . G A 2444.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.68;QD=30.20;SOR=1.249 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,65:65:99:2458,195,0 +20 10074716 . G A 2415.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.67;QD=30.20;SOR=1.214 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,64:64:99:2429,192,0 20 10074806 . G A 2832.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.38;QD=30.49;SOR=0.840 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,71:71:99:2846,213,0 20 10075043 . T C 2420.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.64;QD=31.67;SOR=1.107 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2434,184,0 20 10075168 . C T 3627.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.37;QD=29.53;SOR=0.997 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,88:88:99:3641,264,0 +20 10075508 . GA G 1952.03 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=61.11;QD=27.89;SOR=1.085 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,70:70:99:1966,210,0 20 10076250 . A G 1128.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.386;DP=82;ExcessHet=0.0000;FS=7.546;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.41;MQRankSum=-1.423;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.270;SOR=0.344 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,39:79:99:1136,0,1339 20 10076339 . A G 1330.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.069;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=1.992;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.70;MQRankSum=-0.866;QD=18.48;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.446 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1338,0,1035 20 10076399 . G A 1828.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.154;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=1.680;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.45;ReadPosRankSum=-1.058;SOR=0.952 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,50:94:99:1836,0,1544 +20 10076989 . CA C 202.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DP=77;ExcessHet=0.0000;FS=7.323;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.49;MQRankSum=1.233;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.643;SOR=0.579 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:210,0,342 20 10077752 . T C 1366.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.503;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=4.458;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.352;SOR=1.251 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1374,0,1187 -20 10079476 . T G 35.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.780;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=58.877;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.86;MQRankSum=-0.779;QD=0.77;ReadPosRankSum=1.477;SOR=5.130 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:46:43:43,0,1163 +20 10079476 . T G 31.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.570;DP=55;ExcessHet=0.0000;FS=57.922;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.81;MQRankSum=-0.826;QD=0.72;ReadPosRankSum=1.533;SOR=4.970 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,11:44:39:39,0,1137 20 10081750 . C A 1374.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.670;DP=92;ExcessHet=0.0000;FS=0.824;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.406;SOR=0.664 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:1382,0,1525 20 10081800 . C T 1130.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DP=69;ExcessHet=0.0000;FS=11.086;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.63;ReadPosRankSum=-2.622;SOR=0.143 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:1138,0,1222 20 10082892 . C T 1673.06 . AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=44;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=2;MLEAF=1.00;MQ=59.48;QD=32.63;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,43:43:99:1687,129,0 @@ -188,8 +207,9 @@ 20 10086954 . G A 1116.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.606;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=4.812;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.534;SOR=1.185 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:1124,0,1051 20 10087230 . A G 1863.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DP=101;ExcessHet=0.0000;FS=3.860;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.94;MQRankSum=1.707;QD=19.41;ReadPosRankSum=0.307;SOR=0.960 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,54:96:99:1871,0,1428 20 10087394 . T G 1709.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.340;DP=85;ExcessHet=0.0000;FS=4.225;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.46;MQRankSum=1.207;QD=20.35;ReadPosRankSum=0.885;SOR=0.436 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,49:84:99:1717,0,1186 -20 10087754 . T G 1403.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.49;MQRankSum=2.166;QD=17.77;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1411,0,1236 -20 10087804 . C T 1322.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=2.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.24;MQRankSum=2.839;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.668;SOR=0.425 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1330,0,1507 +20 10087754 . T G 1403.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=87;ExcessHet=0.0000;FS=0.851;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.60;MQRankSum=2.166;QD=17.77;ReadPosRankSum=-0.378;SOR=0.596 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,42:79:99:1411,0,1236 +20 10087804 . C T 1640.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.940;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=3.847;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.40;MQRankSum=2.618;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.341;SOR=0.369 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:1648,0,1511 +20 10087820 . C CAG 802.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.081;DP=100;ExcessHet=0.0000;FS=0.949;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.75;MQRankSum=2.850;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.323;SOR=0.906 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:810,0,1047 20 10088063 . C T 1438.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.405;DP=94;ExcessHet=0.0000;FS=2.739;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.36;MQRankSum=0.515;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.285;SOR=1.053 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,44:93:99:1446,0,1403 20 10088699 . C T 797.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.803;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=16.952;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.90;MQRankSum=-3.140;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.456;SOR=1.914 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:805,0,1088 20 10088730 . G A 961.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.224;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=9.673;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.92;MQRankSum=-5.143;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.581;SOR=1.025 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:969,0,956 @@ -197,43 +217,55 @@ 20 10088747 . A G 798.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-3.877;DP=56;ExcessHet=0.0000;FS=7.653;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.20;MQRankSum=-4.907;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.009;SOR=1.092 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,29:54:99:806,0,854 20 10088799 . G A 1039.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.503;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=10.098;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.34;MQRankSum=-2.498;QD=19.62;ReadPosRankSum=1.075;SOR=1.003 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:1047,0,617 20 10088895 . C T 556.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.330;DP=43;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.80;MQRankSum=0.260;QD=13.92;ReadPosRankSum=1.238;SOR=0.727 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,18:40:99:564,0,651 -20 10088980 . T C 357.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.826;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=4.045;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.36;MQRankSum=-3.210;QD=6.62;ReadPosRankSum=0.950;SOR=1.295 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:54:99:365,0,1159 -20 10088985 . T C 456.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=63;ExcessHet=0.0000;FS=2.347;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.03;MQRankSum=-3.151;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.799;SOR=1.056 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,18:60:99:464,0,1357 +20 10088968 . C CAAA 1042.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=0.971;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.91;MQRankSum=-5.108;QD=17.09;ReadPosRankSum=0.614;SOR=0.646 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:1050,0,1111 +20 10088980 . T C 1111.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DP=75;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.54;MQRankSum=-5.302;QD=16.11;ReadPosRankSum=1.708;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,31:69:99:1119,0,1146 +20 10088985 . T C 846.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.145;DP=78;ExcessHet=0.0000;FS=0.880;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.41;MQRankSum=-5.314;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.586;SOR=0.780 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:854,0,1357 20 10089441 . A G 1200.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-4.885;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=6.071;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.71;MQRankSum=-0.948;QD=15.80;ReadPosRankSum=-0.156;SOR=1.363 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:1208,0,1313 20 10089525 . C T 1569.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=5.859;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=4.260;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.50;MQRankSum=1.531;QD=19.38;ReadPosRankSum=0.862;SOR=0.617 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1577,0,1088 +20 10090289 . CA C 414.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.97;MQRankSum=1.393;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.048;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:422,0,231 20 10090764 . A G 861.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=4.975;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.207;SOR=0.310 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:869,0,1207 20 10090970 . T C 1278.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.484;DP=70;ExcessHet=0.0000;FS=0.927;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.47;MQRankSum=1.509;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.072;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:69:99:1286,0,1092 20 10091214 . C T 1270.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.74;MQRankSum=-0.916;QD=18.15;ReadPosRankSum=-0.035;SOR=0.625 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,37:70:99:1278,0,1110 20 10092415 . A G 1656.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-6.731;DP=103;ExcessHet=0.0000;FS=0.741;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.082;SOR=0.665 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,49:101:99:1664,0,1901 20 10092927 . G T 127.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.507;DP=83;ExcessHet=0.0000;FS=60.191;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.16;MQRankSum=-3.009;QD=1.77;ReadPosRankSum=-0.220;SOR=5.279 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,13:72:99:135,0,1864 +20 10093568 . GT G 341.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=1.210;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.15;MQRankSum=1.404;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.678;SOR=0.495 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:349,0,391 20 10093923 . T A 1096.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.924;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.25;MQRankSum=0.358;QD=16.37;ReadPosRankSum=-1.583;SOR=0.772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:67:99:1104,0,1257 20 10094251 . T A 1291.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=67;ExcessHet=0.0000;FS=11.483;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=20.83;ReadPosRankSum=1.806;SOR=1.211 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,36:62:99:1299,0,781 20 10094582 . A G 944.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.388;DP=73;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=1.270;QD=13.69;ReadPosRankSum=-0.018;SOR=0.772 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,30:69:99:952,0,1350 20 10094774 . C T 1057.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.784;DP=81;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.43;MQRankSum=0.962;QD=14.10;ReadPosRankSum=0.197;SOR=0.690 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,35:75:99:1065,0,1282 +20 10095432 . GTGATGATGA G 868.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=1.102;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.53;MQRankSum=-4.431;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.396;SOR=0.460 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:876,0,1000 20 10095741 . A G 1096.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DP=72;ExcessHet=0.0000;FS=4.721;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.39;MQRankSum=-2.313;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.500;SOR=0.515 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:1104,0,1233 20 10096293 . C T 1376.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=4.664;DP=79;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.64;MQRankSum=1.397;QD=18.36;ReadPosRankSum=-1.135;SOR=0.638 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,38:75:99:1384,0,1258 20 10096596 . C T 1583.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.728;DP=91;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.82;MQRankSum=0.612;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.170;SOR=0.640 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,47:87:99:1591,0,1273 20 10096768 . A C 1703.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.764;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=3.983;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-1.609;QD=18.72;ReadPosRankSum=0.613;SOR=0.445 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,49:91:99:1711,0,1452 -20 10096899 . G T 1101.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=76;ExcessHet=0.0000;FS=12.891;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.20;MQRankSum=-1.552;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.538;SOR=2.079 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:71:99:1109,0,1390 +20 10096899 . G T 1405.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DP=84;ExcessHet=0.0000;FS=9.606;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.28;MQRankSum=-1.387;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.422;SOR=1.707 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1413,0,1365 +20 10096905 . TA T 1522.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.897;DP=86;ExcessHet=0.0000;FS=11.448;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.30;MQRankSum=-1.656;QD=18.57;ReadPosRankSum=0.269;SOR=1.760 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1530,0,1212 20 10096933 . G C 1336.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.914;DP=89;ExcessHet=0.0000;FS=23.320;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.32;MQRankSum=-1.802;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.383;SOR=1.534 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1344,0,1514 20 10096958 . G A 1628.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.697;DP=93;ExcessHet=0.0000;FS=19.237;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.35;MQRankSum=-1.682;QD=17.90;ReadPosRankSum=-1.593;SOR=1.375 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1636,0,1487 -20 10097075 . T G 1440.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;DP=95;ExcessHet=0.0000;FS=6.783;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.12;MQRankSum=-1.398;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.242;SOR=0.694 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,47:91:99:1448,0,1485 -20 10097437 . T C 457.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=3.846;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.58;MQRankSum=-4.652;QD=7.04;ReadPosRankSum=-4.566;SOR=0.325 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,20:65:99:465,0,1547 +20 10097075 . T G 1466.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=96;ExcessHet=0.0000;FS=6.613;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.14;MQRankSum=-1.389;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.235;SOR=0.628 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1474,0,1482 +20 10097101 . C CTTT 1132.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.907;DP=80;ExcessHet=0.0000;FS=4.931;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.24;MQRankSum=-0.684;QD=17.16;ReadPosRankSum=1.777;SOR=0.385 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:1140,0,1220 +20 10097437 . TTTTC CTTTC,T 1114.06 . AC=1,1;AF=0.500,0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1,1;MLEAF=0.500,0.500;MQ=58.33;MQRankSum=3.089;QD=30.95;ReadPosRankSum=-0.138;SOR=0.859 GT:AD:DP:GQ:PL 1/2:2,11,23:36:99:1131,862,1679,307,0,383 20 10097626 . C A 647.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DP=54;ExcessHet=0.0000;FS=2.701;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.00;MQRankSum=-1.331;QD=13.49;ReadPosRankSum=1.015;SOR=0.324 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:655,0,957 20 10097789 . T C 709.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DP=60;ExcessHet=0.0000;FS=5.374;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.05;MQRankSum=-2.805;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.220;SOR=0.756 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:717,0,1190 20 10097928 . G A 591.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=37;ExcessHet=0.0000;FS=1.315;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.11;MQRankSum=-1.654;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.079;SOR=0.951 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:599,0,586 20 10098110 . G C 573.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.510;DP=36;ExcessHet=0.0000;FS=6.658;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=58.71;MQRankSum=-1.477;QD=15.93;ReadPosRankSum=-0.730;SOR=0.069 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:581,0,631 20 10098135 . C A 436.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.155;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=4.337;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=59.65;MQRankSum=1.546;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.591;SOR=0.075 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:444,0,874 +20 10098219 . TATATATA T 325.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DP=21;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.94;MQRankSum=-0.205;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.427;SOR=0.465 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:333,0,461 +20 10098237 . A T 254.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.006;DP=14;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.89;MQRankSum=-1.742;QD=19.59;ReadPosRankSum=1.118;SOR=0.836 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:262,0,208 +20 10098265 . T C 109.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=6;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=41.96;MQRankSum=-1.834;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.842;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:49:117,0,49 +20 10098344 . A G 62.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.674;DP=5;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=47.08;MQRankSum=-1.383;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.000;SOR=0.693 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,2:4:67:70,0,67 20 10098786 . C T 32.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.431;DP=9;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=54.65;MQRankSum=-2.200;QD=3.63;ReadPosRankSum=-1.383;SOR=0.132 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,2:9:40:40,0,217 +20 10098885 . C CA 463.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.165;DP=33;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.73;MQRankSum=-4.449;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.954;SOR=0.518 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:471,0,572 20 10098945 . T C 412.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.475;DP=22;ExcessHet=0.0000;FS=3.882;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.15;MQRankSum=-2.504;QD=18.76;ReadPosRankSum=1.038;SOR=2.368 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:420,0,248 20 10098987 . C T 400.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DP=25;ExcessHet=0.0000;FS=7.005;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.36;MQRankSum=-2.734;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.436;SOR=2.925 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:408,0,350 20 10099029 . T C 358.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.809;DP=30;ExcessHet=0.0000;FS=2.032;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.93;MQRankSum=-3.641;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.224;SOR=1.329 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:366,0,634 20 10099034 . C A 338.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=29;ExcessHet=0.0000;FS=4.265;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=53.57;MQRankSum=-3.641;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.850;SOR=1.721 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:346,0,578 -20 10099044 . A C 283.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.016;DP=28;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.21;MQRankSum=-4.390;QD=12.33;ReadPosRankSum=-1.905;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:291,0,484 -20 10099046 . T C 279.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=23;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=50.36;MQRankSum=-4.390;QD=12.16;ReadPosRankSum=-2.003;SOR=0.416 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:287,0,606 -20 10099055 . T C 195.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.513;DP=23;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.34;MQRankSum=-4.285;QD=8.89;ReadPosRankSum=-1.693;SOR=0.527 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:203,0,599 -20 10099079 . C T 65.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DP=24;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.20;MQRankSum=-3.719;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.533;SOR=0.904 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:24:73:73,0,548 -20 10099140 . G T 556.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=48;ExcessHet=0.0000;FS=6.781;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=60.43;MQRankSum=1.930;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.191;SOR=1.835 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:564,0,935 +20 10099044 . A C 367.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DP=30;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=51.44;MQRankSum=-4.449;QD=14.71;ReadPosRankSum=-2.207;SOR=0.616 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:375,0,478 +20 10099046 . T C 401.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DP=26;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.18;MQRankSum=-4.484;QD=15.45;ReadPosRankSum=-2.553;SOR=0.719 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:409,0,597 +20 10099055 . T C 422.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DP=30;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=48.51;MQRankSum=-4.519;QD=15.09;ReadPosRankSum=-2.951;SOR=0.839 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:430,0,580 +20 10099079 . C T 32.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=1.465;DP=35;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=49.90;MQRankSum=-2.368;QD=0.93;ReadPosRankSum=0.997;SOR=0.730 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,5:35:40:40,0,997 +20 10099111 . T TTTTGTTTG 928.60 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.861;DP=57;ExcessHet=0.0000;FS=4.175;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=52.71;MQRankSum=-1.753;QD=19.76;ReadPosRankSum=-0.751;SOR=1.352 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:936,0,698 +20 10099140 . G T 1102.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=0.164;DP=68;ExcessHet=0.0000;FS=2.177;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=55.01;MQRankSum=-2.787;QD=17.23;ReadPosRankSum=0.606;SOR=1.055 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1110,0,925 20 10099190 . G T 1055.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-0.034;DP=65;ExcessHet=0.0000;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.56;MQRankSum=-1.711;QD=16.24;ReadPosRankSum=-1.260;SOR=0.776 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:1063,0,1154 20 10099220 . A G 598.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DP=47;ExcessHet=0.0000;FS=1.137;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=57.74;MQRankSum=-2.596;QD=13.30;ReadPosRankSum=0.629;SOR=0.519 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:606,0,873 20 10099250 . G A 697.64 . AC=1;AF=0.500;AN=2;BaseQRankSum=3.170;DP=39;ExcessHet=0.0000;FS=7.195;MLEAC=1;MLEAF=0.500;MQ=56.89;MQRankSum=-2.272;QD=18.86;ReadPosRankSum=0.583;SOR=0.162 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:705,0,424 diff --git a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf.idx b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf.idx index dd1283b33a7..62a68559751 100644 Binary files a/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf.idx and b/src/test/resources/org/broadinstitute/hellbender/tools/haplotypecaller/expected.pileupCallerDefaults.gatk4.vcf.idx differ