diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/CRAMIssue8768Detector.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/CRAMIssue8768Detector.java
new file mode 100644
index 00000000000..9bda68f1dab
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/CRAMIssue8768Detector.java
@@ -0,0 +1,144 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools;
+
+import org.broadinstitute.barclay.argparser.*;
+import org.broadinstitute.hellbender.tools.filediagnostics.CRAMIssue8768Analyzer;
+import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.CommandLineProgram;
+import org.broadinstitute.hellbender.cmdline.StandardArgumentDefinitions;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+import picard.cmdline.programgroups.OtherProgramGroup;
+
+/**
+ * A diagnostic tool that analyzes a CRAM file to look for possible base corruption caused by
+ * GATK issue 8768.
+ *
+ * This issue affects GATK versions 4.3.0.0 through 4.5.0.0, and is fixed in GATK 4.6.0.0.
+ *
+ * This issue also affects Picard versions 2.27.3 through 3.1.1, and is fixed in Picard 3.2.0.
+ *
+ * The bug is triggered when writing a CRAM file using one of the affected GATK/Picard versions,
+ * and both of the following conditions are met:
+ *
+ *
+ * - At least one read is mapped to the very first base of a reference contig
+ * - The file contains more than one CRAM container (10,000 reads) with reads mapped to that same reference contig
+ *
+ *
+ * When both of these conditions are met, the resulting CRAM file may have corrupt containers containing reads
+ * with an incorrect sequence.
+ *
+ * This tool writes a report to an output text file indicating whether the CRAM file appears to have read base corruption caused by issue 8768,
+ * and listing the affected containers. By default, the output report will have a summary of the average mismatch rate for all suspected bad containers
+ * and a few presumed good containers in order to determine if there is a large difference in the base mismatch rate.
+ *
+ * Optionally, a TSV file with the same information as the textual report, but in tabular form, can be written
+ * using the "--output-tsv" argument.
+ *
+ * To analyze the base mismatch rate for ALL containers, use the "verbose" option.
+ *
+ * Works on files ending in .cram.
+ *
+ *
+ * Sample Usage:
+ *
+ * gatk CRAMIssue8768Detector \
+ * -I input.cram \
+ * -O output_report.txt \
+ * -R reference.fasta
+ *
+ *
+ * gatk CRAMIssue8768Detector \
+ * -I input.cram \
+ * -O output_report.txt \
+ * -R reference.fasta \
+ * --output-tsv output_report_as_table.tsv
+ *
+ */
+@ExperimentalFeature
+@WorkflowProperties
+@CommandLineProgramProperties(
+ summary = "Analyze a CRAM file to check for base corruption caused by GATK issue 8768",
+ oneLineSummary = "Analyze a CRAM file to check for base corruption caused by GATK issue 8768",
+ programGroup = OtherProgramGroup.class
+)
+public class CRAMIssue8768Detector extends CommandLineProgram {
+ // default average mismatch rate threshold above which we consider the file to be corrupt
+ private static final double DEFAULT_MISMATCH_RATE_THRESHOLD = 0.05;
+
+ @Argument(fullName = StandardArgumentDefinitions.INPUT_LONG_NAME,
+ shortName = StandardArgumentDefinitions.INPUT_SHORT_NAME,
+ doc = "Input path of CRAM file to analyze",
+ common = true)
+ @WorkflowInput
+ public GATKPath inputPath;
+
+ @Argument(fullName = StandardArgumentDefinitions.OUTPUT_LONG_NAME,
+ shortName = StandardArgumentDefinitions.OUTPUT_SHORT_NAME,
+ doc = "Output diagnostics text file",
+ common = true)
+ @WorkflowOutput
+ public GATKPath textOutputPath;
+
+ public static final String OUTPUT_TSV__ARG_NAME = "output-tsv";
+ @Argument(fullName = OUTPUT_TSV__ARG_NAME,
+ shortName = OUTPUT_TSV__ARG_NAME,
+ doc = "Output diagnostics tsv file",
+ optional = true)
+ @WorkflowOutput
+ public GATKPath tsvOutputPath;
+
+ @Argument(fullName = StandardArgumentDefinitions.REFERENCE_LONG_NAME,
+ shortName = StandardArgumentDefinitions.REFERENCE_SHORT_NAME,
+ doc = "Reference for the CRAM file",
+ common = true)
+ @WorkflowOutput
+ public GATKPath referencePath;
+
+ public static final String MISMATCH_RATE_THRESHOLD_ARG_NAME = "mismatch-rate-threshold";
+ @Argument(fullName = MISMATCH_RATE_THRESHOLD_ARG_NAME,
+ shortName = MISMATCH_RATE_THRESHOLD_ARG_NAME,
+ doc = "Mismatch rate threshold above which we consider the file to be corrupt",
+ optional = true)
+ public double mismatchRateThreshold = DEFAULT_MISMATCH_RATE_THRESHOLD;
+
+ public static final String VERBOSE_ARG_NAME = "verbose";
+ @Argument(fullName = VERBOSE_ARG_NAME,
+ shortName= VERBOSE_ARG_NAME,
+ doc="Calculate and print the mismatch rate for all containers",
+ optional=true)
+ public boolean verbose = false;
+
+ public static final String ECHO_ARG_NAME = "echo-to-stdout";
+ @Argument(fullName = ECHO_ARG_NAME,
+ shortName= ECHO_ARG_NAME,
+ doc="Echo text output to stdout",
+ optional=true)
+ public boolean echoToStdout = false;
+
+ private CRAMIssue8768Analyzer cramAnalyzer;
+
+ @Override
+ protected Object doWork() {
+ cramAnalyzer = new CRAMIssue8768Analyzer(
+ inputPath,
+ textOutputPath,
+ tsvOutputPath,
+ referencePath,
+ mismatchRateThreshold,
+ verbose,
+ echoToStdout);
+ cramAnalyzer.doAnalysis();
+ return cramAnalyzer.getRetCode();
+ }
+
+ @Override
+ protected void onShutdown() {
+ if ( cramAnalyzer != null ) {
+ try {
+ cramAnalyzer.close();
+ } catch (Exception e) {
+ throw new RuntimeException(e);
+ }
+ }
+ }
+}
+
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/PrintFileDiagnostics.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/PrintFileDiagnostics.java
index 76a0410c777..83703d9f46d 100644
--- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/PrintFileDiagnostics.java
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/PrintFileDiagnostics.java
@@ -8,8 +8,6 @@
import org.broadinstitute.hellbender.tools.filediagnostics.HTSAnalyzerFactory;
import picard.cmdline.programgroups.OtherProgramGroup;
-import java.io.File;
-
/**
* A diagnostic tool that prints meta information about a GATK input file.
*
@@ -43,8 +41,8 @@ public class PrintFileDiagnostics extends CommandLineProgram {
doc = "Outut file for diagnostics (must be a local file)",
optional = false,
common = true)
- @WorkflowInput
- public File outputFile;
+ @WorkflowOutput
+ public GATKPath outputPath;
@Argument(shortName="count-limit",
fullName="count-limit",
@@ -56,7 +54,7 @@ public class PrintFileDiagnostics extends CommandLineProgram {
@Override
protected void onStartup() {
super.onStartup();
- htsAnalyzer = HTSAnalyzerFactory.getFileAnalyzer(inputPath, outputFile, countLimit);
+ htsAnalyzer = HTSAnalyzerFactory.getFileAnalyzer(inputPath, outputPath, countLimit);
}
@Override
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/BAIAnalyzer.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/BAIAnalyzer.java
index 1de153092ae..c088ff7abcd 100644
--- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/BAIAnalyzer.java
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/BAIAnalyzer.java
@@ -11,16 +11,17 @@
*/
public class BAIAnalyzer extends HTSAnalyzer {
- public BAIAnalyzer(final GATKPath inputPath, final File outputFile) {
- super(inputPath, outputFile);
+ public BAIAnalyzer(final GATKPath inputPath, final GATKPath outputPath) {
+ super(inputPath, outputPath);
}
/**
* Run the analyzer for the file.
*/
protected void doAnalysis() {
- System.out.println(String.format("\nOutput written to %s\n", outputFile));
- BAMIndexer.createAndWriteIndex(inputPath.toPath().toFile(), outputFile, true);
+ System.out.println(String.format("\nOutput written to %s\n", outputPath));
+ // note this method is not nio aware
+ BAMIndexer.createAndWriteIndex(inputPath.toPath().toFile(), new File(outputPath.getRawInputString()), true);
}
@Override
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAIAnalyzer.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAIAnalyzer.java
index dcbe8109938..9fb12ae9d35 100644
--- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAIAnalyzer.java
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAIAnalyzer.java
@@ -5,23 +5,22 @@
import htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException;
import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
-import java.io.File;
-import java.io.FileOutputStream;
-import java.io.IOException;
-import java.io.InputStream;
+import java.io.*;
+import java.nio.file.Files;
/**
* Analyzer for CRAM (.crai) index files.
*/
public class CRAIAnalyzer extends HTSAnalyzer {
- final FileOutputStream fos;
+ final OutputStream fos;
- public CRAIAnalyzer(final GATKPath inputPath, final File outputFile) {
- super(inputPath, outputFile);
+ public CRAIAnalyzer(final GATKPath inputPath, final GATKPath outputPath) {
+ super(inputPath, outputPath);
try {
- fos = new FileOutputStream(outputFile);
+ fos = Files.newOutputStream(outputPath.toPath());
} catch (final IOException e) {
+
throw new RuntimeIOException(e);
}
}
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAMAnalyzer.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAMAnalyzer.java
index 76933277e99..a6d473fe10a 100644
--- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAMAnalyzer.java
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAMAnalyzer.java
@@ -11,14 +11,11 @@
import htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException;
import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
-import java.io.File;
-import java.io.FileOutputStream;
-import java.io.IOException;
-import java.io.InputStream;
+import java.io.*;
import java.nio.ByteBuffer;
import java.nio.ByteOrder;
+import java.nio.file.Files;
import java.util.Base64;
-import java.util.HashMap;
import java.util.LinkedHashMap;
import java.util.Map;
@@ -36,13 +33,13 @@ public class CRAMAnalyzer extends HTSAnalyzer {
long coreBlocksDataSize = 0L;
long recordCount = 0;
final long countLimit;
- final FileOutputStream fos;
+ final OutputStream fos;
- public CRAMAnalyzer(final GATKPath inputPathName, final File outputFile, final long countLimit) {
- super(inputPathName, outputFile);
+ public CRAMAnalyzer(final GATKPath inputPathName, final GATKPath outputPath, final long countLimit) {
+ super(inputPathName, outputPath);
this.countLimit = countLimit;
try {
- fos = new FileOutputStream(outputFile);
+ fos = Files.newOutputStream(outputPath.toPath());
} catch (final IOException e) {
throw new RuntimeIOException(e);
}
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAMIssue8768Analyzer.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAMIssue8768Analyzer.java
new file mode 100644
index 00000000000..366666a9eab
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/CRAMIssue8768Analyzer.java
@@ -0,0 +1,435 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools.filediagnostics;
+
+import htsjdk.samtools.SAMFileHeader;
+import htsjdk.samtools.SAMRecord;
+import htsjdk.samtools.SAMSequenceDictionary;
+import htsjdk.samtools.ValidationStringency;
+import htsjdk.samtools.cram.build.CRAMReferenceRegion;
+import htsjdk.samtools.cram.build.CramIO;
+import htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceContext;
+import htsjdk.samtools.cram.ref.ReferenceSource;
+import htsjdk.samtools.cram.structure.*;
+import htsjdk.samtools.seekablestream.SeekablePathStream;
+import htsjdk.samtools.util.RuntimeIOException;
+import htsjdk.samtools.util.SequenceUtil;
+import htsjdk.samtools.util.Tuple;
+import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.tsv.DataLine;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.tsv.TableColumnCollection;
+import org.broadinstitute.hellbender.utils.tsv.TableWriter;
+
+import java.io.IOException;
+import java.io.InputStream;
+import java.io.OutputStream;
+import java.nio.file.Files;
+import java.util.*;
+
+/**
+ * A diagnostic class that analyzes a CRAM input file to look for conditions that trigger issue 8768.
+ */
+public class CRAMIssue8768Analyzer extends HTSAnalyzer {
+ private final ReferenceSource referenceSource;
+ private final OutputStream outputStream;
+ private final CompressorCache compressorCache = new CompressorCache();
+ private final boolean verbose;
+ private final boolean echoToConsole;
+ private final double mismatchRateThreshold;
+ private final GATKPath tsvOutputPath;
+ private int retCode = 0;
+
+ private SAMFileHeader samHeader = null;
+
+ // everything we need to record for a bad contig
+ private record BadContig(
+ String contigName,
+ List badContainers
+ ) { }
+
+ // everything we need to record for a (good or bad) container
+ private record ContainerStats(
+ int containerOrdinal, // container ordinal # within the contig
+ boolean isBad, // true if this container is bad
+ AlignmentContext alignmentContext, // reference ID, alignment start, alignment span
+ long misMatchCount, // count of mismatched bases
+ double misMatchRate // rate of mismatched bases (mismatches/total bases)
+ ) { }
+
+ public CRAMIssue8768Analyzer(
+ final GATKPath inputPath,
+ final GATKPath textOutputPath,
+ final GATKPath tsvOutputPath,
+ final GATKPath referencePath,
+ final double mismatchRateThreshold,
+ final boolean verbose,
+ final boolean echoToConsole) {
+ super(inputPath, textOutputPath);
+ this.verbose = verbose;
+ this.echoToConsole = echoToConsole;
+ this.tsvOutputPath = tsvOutputPath;
+ this.mismatchRateThreshold = mismatchRateThreshold;
+
+ referenceSource = new ReferenceSource(referencePath.toPath());
+ try {
+ outputStream = Files.newOutputStream(this.outputPath.toPath());
+ } catch (final IOException e) {
+ throw new RuntimeIOException(e);
+ }
+ }
+
+ @Override
+ public void close() throws IOException {
+ if (outputStream != null) {
+ outputStream.close();
+ }
+ }
+
+ public int getRetCode() {
+ return retCode;
+ }
+ protected void emitln(final String s) {
+ try {
+ outputStream.write(s.getBytes());
+ outputStream.write('\n');
+ } catch (IOException e) {
+ throw new RuntimeException(e);
+ }
+ }
+
+ /**
+ * Some background:
+ *
+ * Each CRAM container has an associated htsjdk AlignmentContext that models if/how the contents of the
+ * container relates to the reference. An AlignmentContext includes a ReferenceContext, and depending on the
+ * type of the ReferenceContext, possibly an alignment start and alignment span. There are 3 possible types of
+ * ReferenceContexts:
+ *
+ * 1. SINGLE_REF: The container contains only reads that are mapped to a single reference contig, in which case
+ * the referenceID for that ReferenceContext is the contig ID for the associated contig. This is the most
+ * common case, and is the only type of ReferenceContext for which the alignment start and span are meaningful.
+ * Call isMappedSingleRef() to determine if the ReferenceContext is SINGLE_REF.
+ *
+ * Note that it is an error (the code throws) to you attempt to query a ReferenceContext for it's contig ID if
+ * the ReferenceContext is not SINGLE_REF.
+ *
+ * 2. MULTI_REF: The container contains reads that are mapped to more than one reference contig. This is an
+ * optimization used primarily when there aren't enough reads mapped to a single reference contig to justify
+ * putting the reads into a separate container. Reads in these containers are not reference compressed, and
+ * AlignmentContexts for MULTI_REF containers have no meaningful start/span values. Call isMappedMultiRef() to
+ * determine if the ReferenceContext is MULTI_REF.
+ *
+ * 3. UNMAPPED_UNPLACED: The container contains only unmapped unplaced reads. start/span are irrelevant. Call
+ * isUnmappedUnplaced() to determine if the ReferenceContext is UNMAPPED_UNPLACED.
+ */
+ public void doAnalysis() {
+ final Map badContigs = new LinkedHashMap<>(); // contig name, BadContig
+ final List goodContainers = new ArrayList<>(); // good containers, for all contigs
+ int containerOrdinalForContig = 0;
+ final int NUMBER_OF_GOOD_CONTAINERS_PER_CONTIG_TO_REPORT = 4;
+ int nGoodContainersReportedForContig = 0;
+
+ // these are HTSJDK CRAM container alignment contexts, not the GATK kind you're thinking of
+ AlignmentContext previousAlignmentContext = null;
+
+ try (final SeekablePathStream seekableStream = new SeekablePathStream(this.inputPath.toPath())) {
+ List badContainersForContig = new ArrayList<>();
+ final CramHeader cramHeader = analyzeCRAMHeader(seekableStream);
+ samHeader = Container.readSAMFileHeaderContainer(
+ cramHeader.getCRAMVersion(),
+ seekableStream,
+ inputPath.getRawInputString());
+
+ // iterate through the containers looking for ones with alignment spans that trigger the issue
+ for (boolean isEOF = false; !isEOF;) {
+ final Container container = new Container(
+ cramHeader.getCRAMVersion(),
+ seekableStream,
+ seekableStream.position());
+ containerOrdinalForContig++;
+
+ // reject CRAMs with properties that clearly indicate they were not written by GATK/Picard
+ if (isForeignCRAM(container)) {
+ return;
+ }
+
+ if (previousAlignmentContext == null) {
+ // first container in the whole file can't be bad
+ recordContainerStats(goodContainers, false, container, containerOrdinalForContig);
+ nGoodContainersReportedForContig++;
+ } else if (!previousAlignmentContext.getReferenceContext().equals(
+ container.getAlignmentContext().getReferenceContext())) {
+ // this is the first container for a new reference context; emit any bad containers accumulated
+ // for the previous reference context/contig, and reset state for the next one
+ if (badContainersForContig.size() > 0) {
+ recordContigStats(badContigs, badContainersForContig, previousAlignmentContext);
+ badContainersForContig = new ArrayList<>();
+ }
+ containerOrdinalForContig = 1;
+ // the first container for a reference context is never bad, so always add it to the good list
+ recordContainerStats(goodContainers, false, container, containerOrdinalForContig);
+ nGoodContainersReportedForContig = 1;
+ } else if (previousAlignmentContext.getReferenceContext().isMappedSingleRef() &&
+ (previousAlignmentContext.getAlignmentStart() == 1)) {
+ // we're on the same reference context as the previous container, and the previous container
+ // was mapped to position 1, so if this container is mapped, it's a candidate for bad, whether
+ // it starts at position 1 (the rare case where there is more than one bad container) or not
+ // (the common case where this is the one bad container for this contig)
+ recordContainerStats(badContainersForContig, true, container, containerOrdinalForContig);
+ } else {
+ // we're on the same reference context as the previous container, and the previous container
+ // was NOT mapped to position 1, so this container is not bad - add it to the list of good
+ // containers
+ if (verbose || nGoodContainersReportedForContig < NUMBER_OF_GOOD_CONTAINERS_PER_CONTIG_TO_REPORT) {
+ recordContainerStats(goodContainers, false,container, containerOrdinalForContig);
+ nGoodContainersReportedForContig++;
+ }
+ }
+
+ previousAlignmentContext = new AlignmentContext(
+ container.getAlignmentContext().getReferenceContext(),
+ container.getAlignmentContext().getAlignmentStart(),
+ container.getAlignmentContext().getAlignmentSpan());
+ isEOF = container.isEOF();
+ }
+ }
+ catch (IOException e) {
+ throw new RuntimeIOException(e);
+ }
+
+ retCode = printTextResults(badContigs, goodContainers);
+ if (tsvOutputPath != null) {
+ printTSVResults(badContigs, goodContainers, tsvOutputPath);
+ }
+ }
+
+ /**
+ * Display metadata for a CRAM file header.
+ */
+ private CramHeader analyzeCRAMHeader(InputStream is) {
+ final CramHeader cramHeader = CramIO.readCramHeader(is);
+ emitln("CRAM File Name: " + inputPath.toPath().getFileName());
+ emitln("CRAM Version: " + cramHeader.getCRAMVersion().toString());
+ emitln("CRAM ID Contents: " + String.format("%s", Base64.getEncoder().encodeToString(cramHeader.getId())));
+ return cramHeader;
+ }
+
+ // reject any inputs that have containers that are reference-less; have multiple slices per container;
+ // or have slices with an embedded reference, since these indicate that the file was not written by GATK/Picard.
+ // it is in theory possible that the file could have been written by some other client of htsjdk (i.e., the
+ // htsjdk tests can write such file), but analyzing such files is beyond the scope of this tool
+ private boolean isForeignCRAM(final Container container) {
+ final List slices = container.getSlices();
+ if (slices.size() > 1 ) {
+ emitln("Multi-slice container detected. This file was not written by GATK or Picard.");
+ return true;
+ } else if (container.getAlignmentContext().getReferenceContext().isMappedSingleRef() &&
+ !container.getCompressionHeader().isReferenceRequired()) {
+ emitln("Reference-less container detected. This file was not written by GATK or Picard.");
+ return true;
+ }
+ for (final Slice slice : slices) {
+ if (slice.getEmbeddedReferenceContentID() != Slice.EMBEDDED_REFERENCE_ABSENT_CONTENT_ID) {
+ emitln(String.format("Embedded reference block (ID %d) detected. This file was not written by GATK or Picard.",
+ slice.getEmbeddedReferenceContentID()));
+ return true;
+ }
+ }
+ return false;
+ }
+
+ private void recordContainerStats(
+ final List targetList,
+ final boolean isBad,
+ final Container container,
+ final int containerOrdinal) {
+ // don't even try to compute stats for unmapped-unplaced containers or multi-ref containers
+ if (container.getAlignmentContext().getReferenceContext().isMappedSingleRef()) {
+ final Tuple containerStats = analyzeContainerBaseMismatches(container);
+ targetList.add(new ContainerStats(
+ containerOrdinal,
+ isBad,
+ container.getAlignmentContext(),
+ containerStats.a, // mismatches
+ containerStats.b)); // mismatchPercent
+ }
+ }
+
+ private void recordContigStats(
+ final Map badContigs,
+ final List badContainers,
+ final AlignmentContext previousAlignmentContext) {
+ if (null != badContigs.putIfAbsent(
+ previousAlignmentContext.getReferenceContext().toString(),
+ new BadContig(
+ previousAlignmentContext.getReferenceContext().toString(),
+ badContainers))) {
+ throw new IllegalStateException(
+ String.format(
+ "Attempt to add a bad contig (%s) more than once",
+ previousAlignmentContext.getReferenceContext().toString()));
+ }
+ }
+
+ /**
+ * Analyze base mismatches CRAM file container.
+ * return true if container is EOF container
+ */
+ private Tuple analyzeContainerBaseMismatches(final Container container) {
+ final SAMSequenceDictionary sequenceDictionary = samHeader.getSequenceDictionary();
+ final List actualSAMRecords = container.getSAMRecords(
+ ValidationStringency.LENIENT,
+ new CRAMReferenceRegion(referenceSource, samHeader.getSequenceDictionary()),
+ compressorCache,
+ samHeader);
+
+ final CRAMReferenceRegion localReferenceRegion = new CRAMReferenceRegion(referenceSource, sequenceDictionary);
+ // SequenceUtil.countMismatches wants the full contig's reference bases
+ localReferenceRegion.fetchReferenceBases(container.getAlignmentContext().getReferenceContext().getReferenceContextID());
+ final byte referenceBases[] = localReferenceRegion.getCurrentReferenceBases();
+
+ long totalBases = 0;
+ long misMatches = 0;
+ for (SAMRecord samRec : actualSAMRecords) {
+ totalBases += (long) samRec.getReadLength();
+ misMatches += (long) SequenceUtil.countMismatches(samRec, referenceBases);
+ }
+ return new Tuple<>(totalBases, misMatches/(double) totalBases);
+ }
+
+ private int printTextResults(final Map badContigs, final List goodContainers) {
+ int retCode;
+ if (badContigs.isEmpty()) {
+ final String NO_CORRUPT_CONTAINERS = "\n**********************NO CORRUPT CONTAINERS DETECTED**********************";
+ emitln(NO_CORRUPT_CONTAINERS);
+ // always emit the results summary to console
+ System.out.println(NO_CORRUPT_CONTAINERS);
+ retCode = 0;
+ } else {
+ final String POSSIBLE_CORRUPT_CONTAINERS = "\n**********************!!!!!Possible CORRUPT CONTAINERS DETECTED!!!!!**********************:\n";
+ emitln(POSSIBLE_CORRUPT_CONTAINERS);
+ // always emit the results summary to console
+ System.out.println(POSSIBLE_CORRUPT_CONTAINERS);
+ retCode = 1;
+ }
+
+ // before we print out the containers, print out the stats for both the good and the bad containers
+ final int totalGoodContainers = goodContainers.size();
+ final double sumOfGoodMismatchRates = goodContainers.stream().mapToDouble(c -> c.misMatchRate).sum();
+ final double averageGoodMismatchRate = sumOfGoodMismatchRates / totalGoodContainers;
+ final String avgGoodMismatchStr = String.format("Average mismatch rate for presumed good containers: %f", averageGoodMismatchRate);
+ emitln(avgGoodMismatchStr);
+ if (echoToConsole) {
+ System.out.println(avgGoodMismatchStr);
+ }
+
+ if (!badContigs.isEmpty()) {
+ final int totalBadContainers = badContigs.values().stream().mapToInt(bc -> bc.badContainers().size()).sum();
+ final double sumOfBadMismatchRates = badContigs.values().stream().mapToDouble(
+ bc -> bc.badContainers().stream().mapToDouble(c -> c.misMatchRate).sum()).sum();
+ final double averageBadMismatchRate = sumOfBadMismatchRates / totalBadContainers;
+ final String avgBadMismatchStr = String.format("Average mismatch rate for suspected bad containers: %f", averageBadMismatchRate);
+ emitln(avgBadMismatchStr);
+ if (echoToConsole) {
+ System.out.println(avgBadMismatchStr);
+ }
+
+ if (averageBadMismatchRate > mismatchRateThreshold) {
+ final String exceedThresholdStr = String.format(
+ "The average base mismatch rate of %f for suspected bad containers exceeds the threshold rate of %1.2f, and indicates this file may be corrupt.",
+ averageBadMismatchRate,
+ mismatchRateThreshold);
+ emitln(exceedThresholdStr);
+ if (echoToConsole) {
+ System.out.println(exceedThresholdStr);
+ }
+ }
+
+ // now emit the list of corrupt containers for each bad contig
+ emitln("\nSuspected CORRUPT Containers:");
+ for (final Map.Entry entry : badContigs.entrySet()) {
+ for (final ContainerStats badContainer : entry.getValue().badContainers()) {
+ final String badStatStr = String.format(" Ordinal: %d (%s) Mismatch Rate/Count: %f/%d",
+ badContainer.containerOrdinal,
+ badContainer.alignmentContext.toString(),
+ badContainer.misMatchRate,
+ badContainer.misMatchCount);
+ emitln(badStatStr);
+ if (echoToConsole) {
+ System.out.println(badStatStr);
+ }
+ }
+ }
+ }
+
+ emitln("\nPresumed GOOD Containers:");
+ int lastContig = ReferenceContext.UNINITIALIZED_REFERENCE_ID;
+ for (final ContainerStats goodContainer : goodContainers) {
+ if (lastContig != ReferenceContext.UNINITIALIZED_REFERENCE_ID &&
+ lastContig != goodContainer.alignmentContext.getReferenceContext().getReferenceContextID()) {
+ emitln("");
+ if (echoToConsole) {
+ System.out.println("");
+ }
+ }
+ lastContig = goodContainer.alignmentContext.getReferenceContext().getReferenceContextID();
+ final String goodDetailStr = String.format(" Ordinal: %d (%s) Mismatch Rate/Count: %f/%d",
+ goodContainer.containerOrdinal,
+ goodContainer.alignmentContext.toString(),
+ goodContainer.misMatchRate,
+ goodContainer.misMatchCount);
+ emitln(goodDetailStr);
+ if (echoToConsole) {
+ System.out.println(goodDetailStr);
+ }
+ }
+ return retCode;
+ }
+
+ // write the results out to a machine-readable tsv file
+ private void printTSVResults(
+ final Map badContigs,
+ final List goodContainers,
+ final GATKPath tsvOutputPath) {
+ // File name, contig name, container ordinal, good or bad, mismatch rate
+ final TableColumnCollection columnNames = new TableColumnCollection(
+ "file_name", // file name
+ "contig_name", // contig name
+ "container_ordinal", // container ordinal
+ "container_is_bad", // good or bad, 1 or 0
+ "mismatch_rate", // mismatch rate (double)
+ "alignment_start", // alignment start (int)
+ "alignment_span" // alignment span (int)
+ );
+
+ try (final TableWriter tsvWriter = new TableWriter<>(tsvOutputPath.toPath(), columnNames) {
+ @Override
+ protected void composeLine(final ContainerStats containerStats, final DataLine dataLine) {
+ dataLine.set("file_name", inputPath.toPath().getFileName().toString())
+ .set("contig_name", samHeader.getSequenceDictionary().getSequence(containerStats.alignmentContext.getReferenceContext().getReferenceContextID()).getSequenceName())
+ .set("container_ordinal", containerStats.containerOrdinal)
+ .set("container_is_bad", containerStats.isBad ? 1 : 0)
+ .set("mismatch_rate", containerStats.misMatchRate)
+ .set("alignment_start", containerStats.alignmentContext.getAlignmentStart())
+ .set("alignment_span", containerStats.alignmentContext.getAlignmentSpan());
+ }
+ })
+ {
+ tsvWriter.writeHeaderIfApplies();
+ if (badContigs.isEmpty()) {
+ tsvWriter.writeComment("No bad containers detected");
+ } else {
+ tsvWriter.writeComment("Bad containers:");
+ for (final Map.Entry entry : badContigs.entrySet()) {
+ tsvWriter.writeAllRecords(entry.getValue().badContainers());
+ }
+ }
+ if (goodContainers.isEmpty()) {
+ tsvWriter.writeComment("No good mapped containers detected");
+ } else {
+ tsvWriter.writeComment("Good containers:");
+ tsvWriter.writeAllRecords(goodContainers);
+ }
+ } catch (IOException e) {
+ throw new RuntimeException(e);
+ }
+ }
+}
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzer.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzer.java
index 8339dfaccc4..8a0145b9307 100644
--- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzer.java
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzer.java
@@ -4,7 +4,6 @@
import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
import java.io.Closeable;
-import java.io.File;
import java.io.IOException;
/**
@@ -13,11 +12,11 @@
public abstract class HTSAnalyzer implements Closeable {
protected GATKPath inputPath;
- protected File outputFile;
+ protected GATKPath outputPath;
- public HTSAnalyzer(final GATKPath filePath, final File outputFile) {
+ public HTSAnalyzer(final GATKPath filePath, final GATKPath outputPath) {
this.inputPath = filePath;
- this.outputFile = outputFile;
+ this.outputPath = outputPath;
}
/**
diff --git a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzerFactory.java b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzerFactory.java
index d58438a7b61..b987a72cb37 100644
--- a/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzerFactory.java
+++ b/src/main/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/filediagnostics/HTSAnalyzerFactory.java
@@ -3,21 +3,19 @@
import htsjdk.samtools.util.FileExtensions;
import org.broadinstitute.hellbender.engine.GATKPath;
-import java.io.File;
-
/**
* Class for creating an analyzer based on an alignment file type.
*/
public class HTSAnalyzerFactory {
- public static HTSAnalyzer getFileAnalyzer(final GATKPath inputPath, final File outputFile, final long countLimit) {
+ public static HTSAnalyzer getFileAnalyzer(final GATKPath inputPath, final GATKPath outputPath, final long countLimit) {
System.out.println(inputPath.getRawInputString());
if (inputPath.isCram()) {
- return new CRAMAnalyzer(inputPath, outputFile, countLimit);
+ return new CRAMAnalyzer(inputPath, outputPath, countLimit);
} else if (inputPath.hasExtension(FileExtensions.CRAM_INDEX)) {
- return new CRAIAnalyzer(inputPath, outputFile);
+ return new CRAIAnalyzer(inputPath, outputPath);
} else if (inputPath.hasExtension(FileExtensions.BAI_INDEX)) {
- return new BAIAnalyzer(inputPath, outputFile);
+ return new BAIAnalyzer(inputPath, outputPath);
} else {
throw new RuntimeException("Unsupported diagnostic file type: " + inputPath.getRawInputString());
}
diff --git a/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/CRAMIssue8768DetectorIntegrationTest.java b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/CRAMIssue8768DetectorIntegrationTest.java
new file mode 100644
index 00000000000..e6ac34b8cdf
--- /dev/null
+++ b/src/test/java/org/broadinstitute/hellbender/tools/CRAMIssue8768DetectorIntegrationTest.java
@@ -0,0 +1,125 @@
+package org.broadinstitute.hellbender.tools;
+
+import org.apache.commons.lang3.tuple.Pair;
+import org.broadinstitute.hellbender.CommandLineProgramTest;
+import org.broadinstitute.hellbender.testutils.ArgumentsBuilder;
+import org.broadinstitute.hellbender.testutils.IntegrationTestSpec;
+import org.testng.annotations.DataProvider;
+import org.testng.annotations.Test;
+
+import java.io.File;
+import java.io.IOException;
+import java.util.List;
+
+public class CRAMIssue8768DetectorIntegrationTest extends CommandLineProgramTest {
+
+ @DataProvider(name = "cramAnalysisTestCases")
+ public Object[][] getFileDiagnosticsTestCases() {
+ return new Object[][]{
+ // local file tests
+ {
+ // test file created by rewriting the htsjdk test file
+ // src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/mitoAlignmentStartTest.cram, using a version
+ // of GATK that has bug https://github.com/broadinstitute/gatk/issues/8768. the rewrite causes
+ // the file to have corrupt read bases, so we can use it to test the detector
+ // 1 bad container
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.bug8768.cram",
+ "src/test/resources/filediagnostics/mitoCorrupt.bug8768.fa",
+ List.of(Pair.of(CRAMIssue8768Detector.VERBOSE_ARG_NAME, "false")),
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.false.bug8768.txt",
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.false.bug8768.tsv",
+ },
+ {
+ // test file created by rewriting the htsjdk test file
+ // src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/mitoAlignmentStartTest.cram, using a version
+ // of GATK that has bug https://github.com/broadinstitute/gatk/issues/8768. the rewrite causes
+ // the file to have corrupt read bases, so we can use it to test the detector
+ // 1 bad container
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.bug8768.cram",
+ "src/test/resources/filediagnostics/mitoCorrupt.bug8768.fa",
+ List.of(Pair.of(CRAMIssue8768Detector.VERBOSE_ARG_NAME, "true")),
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.true.bug8768.txt",
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.true.bug8768.tsv",
+ },
+ {
+ // 0 bad containers
+ NA12878_20_21_WGS_cram,
+ b37_reference_20_21,
+ List.of(Pair.of(CRAMIssue8768Detector.VERBOSE_ARG_NAME, "false")),
+ "src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.txt",
+ "src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.tsv",
+ },
+ {
+ // 0 bad containers
+ NA12878_20_21_WGS_cram,
+ b37_reference_20_21,
+ List.of(Pair.of(CRAMIssue8768Detector.VERBOSE_ARG_NAME, "true")),
+ "src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.true.bug8768.txt",
+ "src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.true.bug8768.tsv",
+ },
+ {
+ // test file created by rewriting the htsjdk test file
+ // src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/mitoAlignmentStartTest.cram using a version
+ // of GATK that has bug https://github.com/broadinstitute/gatk/issues/8768, along with code
+ // to force the file to have 2 bad containers by forcing numerous reads to be aligned to
+ // position 1.
+ // 2 bad containers
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.2BadContainers.bug8768.cram",
+ "src/test/resources/filediagnostics/mitoCorrupt.bug8768.fa",
+ List.of(Pair.of(CRAMIssue8768Detector.VERBOSE_ARG_NAME, "false")),
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.2BadContainers.false.bug8768.txt",
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.2BadContainers.false.bug8768.tsv",
+ },
+ {
+ // test file created by rewriting the htsjdk test file
+ // src/test/resources/htsjdk/samtools/cram/mitoAlignmentStartTest.cram using a version
+ // of GATK that has bug https://github.com/broadinstitute/gatk/issues/8768, along with code
+ // to force the file to have 2 bad containers by forcing numerous reads to be aligned to
+ // position 1.
+ // 3 bad containers
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.3BadContainers.bug8768.cram",
+ "src/test/resources/filediagnostics/mitoCorrupt.bug8768.fa",
+ List.of(Pair.of(CRAMIssue8768Detector.VERBOSE_ARG_NAME, "false")),
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.3BadContainers.false.bug8768.txt",
+ "src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.3BadContainers.false.bug8768.tsv",
+ },
+ // cloud file test
+ {
+ // 0 bad containers
+ "gs://hellbender/test/resources/large/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram",
+ "gs://hellbender/test/resources/large/human_g1k_v37.20.21.fasta",
+ List.of(Pair.of(CRAMIssue8768Detector.VERBOSE_ARG_NAME, "false")),
+ "src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.txt",
+ "src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.tsv",
+ },
+ };
+ }
+
+ @Test(dataProvider = "cramAnalysisTestCases", groups={"cloud"})
+ public void testCramAnalysis(
+ final String inputPath,
+ final String referencePath, // unused for now
+ final List> extraArgs,
+ final String expectedTextOutputPath,
+ final String expectedTSVOutputPath) throws IOException {
+ final File outTextFile = createTempFile("testFileDiagnostics", ".txt");
+ final File outTSVFile = expectedTSVOutputPath == null ? null : createTempFile("testFileDiagnostics", ".tsv");
+ ArgumentsBuilder argBuilder = new ArgumentsBuilder();
+ argBuilder.addInput(inputPath);
+ argBuilder.addOutput(outTextFile);
+ argBuilder.addReference(referencePath);
+ if (outTSVFile != null) {
+ argBuilder.add(CRAMIssue8768Detector.OUTPUT_TSV__ARG_NAME, outTSVFile.getAbsolutePath());
+ }
+ if (extraArgs != null) {
+ extraArgs.forEach(argPair -> argBuilder.add(argPair.getKey(), argPair.getValue()));
+ }
+ runCommandLine(argBuilder.getArgsList());
+
+ IntegrationTestSpec.assertEqualTextFiles(outTextFile, new File(expectedTextOutputPath));
+ if (outTSVFile != null) {
+ IntegrationTestSpec.assertEqualTextFiles(outTSVFile, new File(expectedTSVOutputPath));
+ }
+ }
+
+}
diff --git a/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.tsv b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.tsv
new file mode 100644
index 00000000000..5155b23ec65
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.tsv
@@ -0,0 +1,11 @@
+file_name contig_name container_ordinal container_is_bad mismatch_rate alignment_start alignment_span
+#No bad containers detected
+#Good containers:
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 1 0 0.0066287128712871285 9999902 11055
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 2 0 0.0032158415841584157 10010859 11595
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 3 0 0.0028702970297029705 10022353 10302
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 4 0 0.0028138613861386137 10032556 10955
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 1 0 0.007091089108910891 9999901 5725
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 2 0 0.008675247524752475 10005525 4771
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 3 0 0.006677227722772277 10010195 6694
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 4 0 0.006946534653465347 10016789 6937
diff --git a/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.txt b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.txt
new file mode 100644
index 00000000000..0c9b47663d6
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.cloud.txt
@@ -0,0 +1,17 @@
+CRAM File Name: CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram
+CRAM Version: 2.1
+CRAM ID Contents: L1VzZXJzL2FraWV6dW4vSWRlYVA=
+
+**********************NO CORRUPT CONTAINERS DETECTED**********************
+Average mismatch rate for presumed good containers: 0.005615
+
+Presumed GOOD Containers:
+ Ordinal: 1 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=9999902, span=11055) Mismatch Rate/Count: 0.006629/1010000
+ Ordinal: 2 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=10010859, span=11595) Mismatch Rate/Count: 0.003216/1010000
+ Ordinal: 3 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=10022353, span=10302) Mismatch Rate/Count: 0.002870/1010000
+ Ordinal: 4 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=10032556, span=10955) Mismatch Rate/Count: 0.002814/1010000
+
+ Ordinal: 1 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=9999901, span=5725) Mismatch Rate/Count: 0.007091/1010000
+ Ordinal: 2 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=10005525, span=4771) Mismatch Rate/Count: 0.008675/1010000
+ Ordinal: 3 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=10010195, span=6694) Mismatch Rate/Count: 0.006677/1010000
+ Ordinal: 4 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=10016789, span=6937) Mismatch Rate/Count: 0.006947/1010000
diff --git a/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.tsv b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.tsv
new file mode 100644
index 00000000000..5155b23ec65
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.tsv
@@ -0,0 +1,11 @@
+file_name contig_name container_ordinal container_is_bad mismatch_rate alignment_start alignment_span
+#No bad containers detected
+#Good containers:
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 1 0 0.0066287128712871285 9999902 11055
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 2 0 0.0032158415841584157 10010859 11595
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 3 0 0.0028702970297029705 10022353 10302
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 4 0 0.0028138613861386137 10032556 10955
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 1 0 0.007091089108910891 9999901 5725
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 2 0 0.008675247524752475 10005525 4771
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 3 0 0.006677227722772277 10010195 6694
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 21 4 0 0.006946534653465347 10016789 6937
diff --git a/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.txt b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.txt
new file mode 100644
index 00000000000..0c9b47663d6
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.false.bug8768.txt
@@ -0,0 +1,17 @@
+CRAM File Name: CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram
+CRAM Version: 2.1
+CRAM ID Contents: L1VzZXJzL2FraWV6dW4vSWRlYVA=
+
+**********************NO CORRUPT CONTAINERS DETECTED**********************
+Average mismatch rate for presumed good containers: 0.005615
+
+Presumed GOOD Containers:
+ Ordinal: 1 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=9999902, span=11055) Mismatch Rate/Count: 0.006629/1010000
+ Ordinal: 2 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=10010859, span=11595) Mismatch Rate/Count: 0.003216/1010000
+ Ordinal: 3 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=10022353, span=10302) Mismatch Rate/Count: 0.002870/1010000
+ Ordinal: 4 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=10032556, span=10955) Mismatch Rate/Count: 0.002814/1010000
+
+ Ordinal: 1 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=9999901, span=5725) Mismatch Rate/Count: 0.007091/1010000
+ Ordinal: 2 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=10005525, span=4771) Mismatch Rate/Count: 0.008675/1010000
+ Ordinal: 3 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=10010195, span=6694) Mismatch Rate/Count: 0.006677/1010000
+ Ordinal: 4 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=10016789, span=6937) Mismatch Rate/Count: 0.006947/1010000
diff --git a/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.true.bug8768.tsv b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.true.bug8768.tsv
new file mode 100644
index 00000000000..ac064bf09bf
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.true.bug8768.tsv
@@ -0,0 +1,64 @@
+file_name contig_name container_ordinal container_is_bad mismatch_rate alignment_start alignment_span
+#No bad containers detected
+#Good containers:
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 1 0 0.0066287128712871285 9999902 11055
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 2 0 0.0032158415841584157 10010859 11595
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 3 0 0.0028702970297029705 10022353 10302
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 4 0 0.0028138613861386137 10032556 10955
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 5 0 0.0026405940594059407 10043410 11007
+CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram 20 6 0 0.0023297029702970297 10054316 11415
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new file mode 100644
index 00000000000..29f906bc803
--- /dev/null
+++ b/src/test/resources/filediagnostics/CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.true.bug8768.txt
@@ -0,0 +1,70 @@
+CRAM File Name: CEUTrio.HiSeq.WGS.b37.NA12878.20.21.cram
+CRAM Version: 2.1
+CRAM ID Contents: L1VzZXJzL2FraWV6dW4vSWRlYVA=
+
+**********************NO CORRUPT CONTAINERS DETECTED**********************
+Average mismatch rate for presumed good containers: 0.005962
+
+Presumed GOOD Containers:
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+ Ordinal: 2 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=10010859, span=11595) Mismatch Rate/Count: 0.003216/1010000
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+
+ Ordinal: 1 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 1, start=9999901, span=5725) Mismatch Rate/Count: 0.007091/1010000
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Binary files /dev/null and b/src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.2BadContainers.bug8768.cram differ
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+
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+
+The average base mismatch rate of 0.877989 for suspected bad containers exceeds the threshold rate of 0.05, and indicates this file may be corrupt.
+
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Binary files /dev/null and b/src/test/resources/filediagnostics/thisFileIsCorruptMito.3BadContainers.bug8768.cram differ
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+#Good containers:
+thisFileIsCorruptMito.3BadContainers.bug8768.cram Mito 1 0 0.0 1 59
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+**********************!!!!!Possible CORRUPT CONTAINERS DETECTED!!!!!**********************:
+
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+
+The average base mismatch rate of 0.585326 for suspected bad containers exceeds the threshold rate of 0.05, and indicates this file may be corrupt.
+
+Suspected CORRUPT Containers:
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+Presumed GOOD Containers:
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+
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+
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+The average base mismatch rate of 0.877207 for suspected bad containers exceeds the threshold rate of 0.05, and indicates this file may be corrupt.
+
+Suspected CORRUPT Containers:
+ Ordinal: 2 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=40388, span=35381) Mismatch Rate/Count: 0.877207/1031379
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+Presumed GOOD Containers:
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+file_name contig_name container_ordinal container_is_bad mismatch_rate alignment_start alignment_span
+#Bad containers:
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+#Good containers:
+thisFileIsCorruptMito.bug8768.cram Mito 1 0 0.008827512748783819 1 40487
+thisFileIsCorruptMito.bug8768.cram Mito 3 0 0.00801308815760323 75661 10119
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@@ -0,0 +1,17 @@
+CRAM File Name: thisFileIsCorruptMito.bug8768.cram
+CRAM Version: 3.0
+CRAM ID Contents: ZmlsZTovLy9Vc2Vycy9jbm9ybWE=
+
+**********************!!!!!Possible CORRUPT CONTAINERS DETECTED!!!!!**********************:
+
+Average mismatch rate for presumed good containers: 0.008420
+Average mismatch rate for suspected bad containers: 0.877207
+
+The average base mismatch rate of 0.877207 for suspected bad containers exceeds the threshold rate of 0.05, and indicates this file may be corrupt.
+
+Suspected CORRUPT Containers:
+ Ordinal: 2 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=40388, span=35381) Mismatch Rate/Count: 0.877207/1031379
+
+Presumed GOOD Containers:
+ Ordinal: 1 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=1, span=40487) Mismatch Rate/Count: 0.008828/1047747
+ Ordinal: 3 (sequenceId=SINGLE_REFERENCE: 0, start=75661, span=10119) Mismatch Rate/Count: 0.008013/293395