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Workshop CDSB 2022: Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor.

01-05 de agosto de 2022

Bienvenidos al Workshop Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor.!

Estamos encantadxs de anunciar que la CDSB, junto con la Red Mexicana de Bioinformática (RMB) y el Nodo Nacional de Bioinformática en la UNAM (NNB-CCG), está organizando el taller Análisis avanzado de metagenomas. Creando tus flujos de análisis con R/Bioconductor como parte del Encuentro Nacional de Bioinformática México 2022.

Todas las sesiones serán teóricas y prácticas. Nos enfocaremos en tres temas principales:

  • Manejo de proyectos de RStudio, Rmarkdown y control de versiones con GitHub.
  • Flujos de análisis con R/Bioconductor
  • Reconstruir genomas a partir de metagenomas utilizando diferentes herramientas de software libre.

¡Registrate aquí!

Instructores

Ponentes invitados

Temario

Consulta el calendario de este curso en: http://bit.ly/calendarcdsb2022

Lunes 01 de agosto. Generando Reportes y flujos de trabajo con R markdown

Horario Tema Instructor
09:00-10:00 Bienvenida CDSB
10:00-11:00 Presentación CDSB Joselyn Chávez, Erick Cuevas
11:00-12:00 Keynote: La última versión del árbol de la vida Brett Baker
12:00-14:00 Control de versiones con GitHub y RStudio Alejandra Medina
15:00-17:00 Generación de Reportes con R markdown Joselyn Chávez, Erick Cuevas

Martes 02 de agosto. Reconstrucción de Genomas.

Horario Tema Instructor
9:00-10:00 Keynote: Convertir tu flujo de análisis en un paquete R/Bioconductor. Leonardo Collado
10:00-13:00 Reconstrucción de genomas. Parte I Yalbi Balderas y Mirna Vázquez
13:00-14:00 Keynote: Paquetes de bioconductor relacionados con la metagenómica. Yalbi Balderas
17:00-14:00 Reconstrucción de genomas. Parte II Yalbi Balderas y Mirna Vázquez

Miércoles 03 de agosto. Reconstrucción metabólica e inferencia filogenética

Horario Tema Instructor
9:00-10:30 Asignación taxonómica Yalbi Balderas y Mirna Vázquez
11:30-13:30 Análisis de vías metabólicas Yalbi Balderas y Mirna Vázquez
13:30-14:00 Construyendo Comunidad CDSB
15:00-17:00 MEBs (Multigenomic Entropy Based Score pipeline ) Valerie de Anda

Jueves 04 de agosto. Proyectos colaborativos de metagenomas.

Horario Tema Instructor
9:00-14:00 Proyecto colaborativo. Parte I
15:00-17:00 Proyecto colaborativo. Parte II

Viernes 05 de agosto. Proyectos colaborativos de metagenomas.

Horario Tema Instructor
9:00-11:00 Proyecto colaborativo. Parte III
11:30-13:30 Presentacion Proyecto colaborativo
13:30-14:00 Clausura

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