How to install TotalSegmentator into 3D Slicer (Jpn edit)

この資料は、以下のWebページおよび動画に基づいて作成されています。

• New extension: Fully automatic whole-body CT segmentation in 2 minutes using TotalSegmentator
• Automatic whole-body CT segmentation in 2 minutes using 3D Slicer and TotalSegmentator

TotalSegmentatorとは？

• 多くの臓器を同時にセグメンテーションできます。対象部位は104（すべての腹部臓器、骨、大血管、筋肉）あります。
• 非常に堅牢です。画像解像度や視野に関係なく、全身、腹部、胸部の CT 画像をセグメント化することができます。
• 高速で動作します。フル解像度での計算時間は、CUDA 対応の GPU で 1～2 分、CPU の低解像度モードでは約 1 分です。
• 完全に緻密なセグメンテーションではありません（実行してみると分かりますが、セグメンテーションエラーは起こります）。しかし、3Dビジュアリゼーションや定量化、関心領域の指定、レジストレーションに利用できる精度があります。
• GPUなしでも動作します。ただし、高解像度のセグメンテーションにはCUDA対応のGPUが推奨されます（GPU：1～2分、CPU：40～50分）。

インストール

1. 3D Slicerを起動し、「View」から「Extensions Manager」を選択します。
   
2. Extensions Managerの右上にある「Search」で「TotalSegmentator」と検索すると、該当するモジュールが表示されます。
   
3. 「Install」をクリックします。
4. 3D Slicerを再起動します。

実行

1. CT画像を読み込みます（DICOM形式やnii.gz形式など）。
2. モジュール検索をクリックします。「Module finder」が起動します。
   
3. 左上の検索バーで「TotalSegmentator」を検索すると、当該モジュールが見つかりますので、「Switch to module」をクリックします。
   
4. 「Apply」をクリックするとTotalSegmentatorが動作します。
   

実行結果例

参考文献

• TotalSegmentatorのGitHubリポジトリはこちら
• Wasserthal, Jakob, et al. "TotalSegmentator: robust segmentation of 104 anatomical structures in CT images." arXiv preprint arXiv:2208.05868 (2022). (arXiv)

付録 - オフラインインストールするには？

オフラインインストールについてはこちらに書かれています。

TotalSegmentator downloads additional Python packages and models. All Slicer installation trees are fully portable, so if you can copy the %localappdata%/NA-MIC/Slicer 5.2.1 folder to the offline computer that will contain all Slicer extension and Python packages. In addition to that you also need to copy the downloaded model weights cached in %userprofile%\.totalsegmentator.

TotalSegmentatorをインストールする際、追加のPythonパッケージとモデルがダウンロードされます。全ての Slicer installation tree は完全にポータブルなので、オンラインで環境構築後に上記のフォルダ群をオフラインコンピュータにコピーすれば動作するようです。