简体中文 | English
EISeg-Med3D 是一个用于智能医学图像分割的 3D Slicer 插件,通过使用训练的交互式分割 AI 模型来进行交互式医学图像标注。它安装简单、使用方便,结合高精度的预测模型,可以获取比手工标注数十倍的效率提升。
-
高效:每个类别只需数次点击直接生成3d分割结果,从此告别费时费力的手工标注。
-
准确:点击 3 点 mIOU 即可达到0.85,配合搭载机器学习算法和手动标注的标注编辑器,精度 100% 不是梦。
-
便捷:四步轻松安装;标注结果、进度自动保存;标注结果透明度调整提升标注准确度;用户友好的界面交互,让你标注省心不麻烦。
Slicer的使用整体流程如下图所示,我们将按照环境安装、模型下载和使用步骤三部分说明,其中使用步骤也可以参见简介中的视频。
整体使用流程
智能标注模块流程
环境安装
-
下载并安装3D slicer软件:下载&安装参考
-
下载插件代码:
git clone https://github.com/PaddlePaddle/PaddleSeg.git
- 安装其他库,在slicer的python中,找到slicer对应的python路径,并进行相应的下载安装。(如果 window上运行,则进入git对应的MINGW64中;如果为linux则任意选择终端进行安装)
import sys
sys.executable # 'D:/slicer/Slicer 5.0.3/bin/PythonSlicer.exe'
'D:/slicer/Slicer 5.0.3/bin/PythonSlicer.exe' -m pip install -r requirments.txt
'D:/slicer/Slicer 5.0.3/bin/PythonSlicer.exe' -m pip install paddlepaddle-gpu==2.3.1.post111 -f https://www.paddlepaddle.org.cn/whl/windows/mkl/avx/stable.html
目前我们提供在下列模型和数据上的试用体验:
数据 | 模型 | 下载链接 |
---|---|---|
MRI椎骨数据 | 交互式 Vnet | pdiparams-pw: 6ok7 | pdmodel-pw: sg80 | 椎骨数据 |
- 找到 Extension wizard 插件:
- 点击 Select Extension,并选择到contrib/SlicerEISegMed3D目录,并点击加载对应模块,等待 Slicer 进行加载。
- 加载完后,切换到 EISegMed3D模块。
- 在
Model Settings
中加载保存在本地的模型,点击Model Path
路径选择框后面的...
的按钮,选择后缀名为.pdodel
的本地文件,点击Param Path
路径选择框后面的...
的按钮,选择后缀名为.pdiparams
的本地文件。 - 点击
Load Static Model
按钮,此时会有弹窗提示Sucessfully loaded model to gpu!
,表示模型已经加载进来。
- 点击
Data Folder
后面的按钮,选择待标注的医学图像文件所在路径后,会自动把该路径下的所有图像全部加载,此时可以在Progress
中查看加载进来的所有图像以及当前已标注完成的图像。
- 在
Segment Editor
中点击Add/Remove
按钮便可自行添加标签或是删除标签,添加标签时会有默认命名,也可以双击标签自行给标签命名。 - 添加标签完毕后即可选中某个标签,点击
Positive Point
或是Negative Point
后的按钮即可给图像加点,开始交互式标注。 - 点击
Finish Segment
按钮,即可结束当前所选标签下的标注,此时可点击左侧的橡皮擦等工具对标注结果进行精修。或者可重复以上步骤进行下一个对象的标注,否则可点击Finish Scan
按钮,便会切换下一张图像。
- 关于精细修改标注工具的使用,详细可见Slicer Segment editor
- 点击
Prev Scan
按钮可以切换上一张图像到当前视图框内。 - 点击
Next Scan
按钮可以切换下一张图像到当前视图框内。
- 在
Progress
中的Annotation Progress
后面的进度条中可以查看当前加载进来的图像标注进程。 - 双击
Annotation Progress
下方表格中某一张图像文件名,便可以自动跳转到所选图像。
EISeg-Med3D is released under the Apache 2.0 license.
感谢 Idea icons created by Vectors Market - Flaticon 给我们提供了好看的图标