Yellow Fever Genome Database

Documentação

Requisitos:

Python

• Instalação no Windows: Para instalar o Python no Windows é necessário baixar o mesmo clicando aqui. No Linux o Python já vem instalado.

BioPython (versão 1.77)

• Instalação no Linux Ubuntu e Windows: Inserir um dos comandos abaixo no terminal.

Python 2: pip install biopython==1.77

Python 3: pip3 install biopython==1.77

Django

• Instalação no Linux Ubuntu e Windows: Inserir um dos comandos abaixo no terminal.

Python 2: pip install django

Python 3: pip3 install django

NodeJS

• Instalação no Windows: Baixar o instalador clicando aqui.
• Instalação no Linux Ubuntu: Inserir o comando abaixo abaixo no terminal.

sudo apt install nodejs

⚠️Atenção: Caso a máquina com Linux não tenha o gerenciador de pacotes pip é necessário fazer a instalação executando um dos comandos abaixo no terminal.

Python 2: sudo apt install python-pip

Python 3: sudo apt install python3-pip

Execução da aplicação web no servidor local:

Para acessar a aplicação web é necessário ativar a mesma no servidor local da máquina, sendo feito isso a partir dos passos a seguir.

• Baixar o projeto: A imagem abaixo mostra como deve ser feito.

• Navegar até o diretório do arquivo que executa o servidor: Após baixar o projeto é necessário descompactar o mesmo, e posteriormente acessar a pasta descompactada pelo terminal. Ainda no terminal é necessário navegar dentro da pasta descompactada até o caminho "projeto-bioinformatica-main/bioinfo_project", onde se encontra o arquivo "manage.py", como mostra a imagem abaixo.

• Executar o arquivo "manage.py" para ativar o servidor local: Estando na pasta onde está o arquivo "manage.py" é preciso executar o comando "python3 manage.py runserver", se a máquina tiver Python 3 instalado, ou "python manage.py runserver", se a máquina tiver Python 2 instalado. A imagem abaixo mostra os comandos sendo executados.

• Acessar o servidor local: Depois de ativar a aplicação web no servidor local é possível acessá-la pelo seu navegador ao informar a url "http://localhost:8000/", responsável por direcionar ao servidor local. A imagem abaixo mostra como é feito.

Ativação de um servidor para acessar a ferramenta JBrowse

Para acessar o JBrowse no site é necessário ativar o mesmo em um outro servidor local, fora o que roda o site em si. Após ter instalado o NodeJS é necessário navegar até o diretório do Jbrowse no projeto, como mostra a imagem abaixo. Para ativar o JBrowse, já estando no diretório do mesmo, basta digitar o comando "npx serve". Feito isso já é possível acessar o JBrowse no site. As imagens abaixo mostram essas últimas duas etapas.

• Ativando JBrowse
• Acessando JBrowse

Execução via Docker

Para acessar toda a aplicação via Docker, é preciso ter também o docker-compose instalado. Dentro da pasta do projeto, basta executar...

docker-compose up

Funcionalidades:

• Blast
• JBrowse
• Árvore Filogenética
• Download dos dados