release: version 0.4.12 🚀

.readthedocs.yaml

@@ -18,13 +18,12 @@ build:
       # https://python-poetry.org/docs/#installing-manually
       - pip install poetry
       # Tell poetry to not use a virtual environment
-      - poetry config virtualenvs.create false
+      # - poetry config virtualenvs.create false
     post_install:
       # Install dependencies with 'docs' dependency group
       # https://python-poetry.org/docs/managing-dependencies/#dependency-groups
       - poetry install --with docs
-      - pip install mkdocstrings
-
+
 mkdocs:
   configuration: mkdocs.yml
 

HISTORY.md

@@ -4,6 +4,7 @@ Changelog
 
 (unreleased)
 ------------
+- Release: version 0.4.11 🚀 [Christophe Bécavin]
 - Release: version 0.4.10 🚀 [Christophe Bécavin]
 - Release: version 0.4.9 🚀 [Christophe Bécavin]
 - Release: version 0.4.8 🚀 [Christophe Bécavin]

checkatlas/utils/VERSION

@@ -1 +1 @@
-0.4.11
+0.4.12

docs/metrics/clustering.md

@@ -2,37 +2,12 @@
 
 [Silhouette](clustering/silhouette.md)
 
-{| class="wikitable" style="text-align: center;"
-!style="background: rgb(180, 219, 242);"|'''Nom'''
-!style="background: rgb(180, 219, 242);"|'''Description'''
-!style="background: rgb(180, 219, 242);"|'''Référence'''
-|-
-|Davies-Bouldin Index 
-|Métrique interne basée sur une notion de similarité. 
-|[30] 
-|-
-|Dunn Index 
-|Métrique interne, évaluant un compromis entre une distances caractéristique inter et intra cluster. 
-|[31] 
-|-
-|DBCV 
-|Métrique interne pour l’évalutation de méthodes de clustering à densité. 
-|[32] 
-|-
-|Rand Index 
-|Métrique externe basée sur la consistance entre deux clustering 
-|[33] 
-|-
-|Fowlkes- Mallows score 
-|Métrique externe comparant les taux d’accord et de désaccord de deux clustering 
-|[34] 
-|-
-|Information Mu- tuelle 
-|Métrique externe basée sur l’entropie conjointe 
-|[35] 
-|-
-|V-Measure 
-|Métrique externe construite à partir des notions de complétude et d’homogénéité 
-|[36] 
-|}
-
+| 	Nom	| 	Description	| 	Référence
+| 	:----------	| 	:----------------------------	| 	:-----
+| 	Davies-Bouldin Index 	| 	Métrique interne basée sur une notion de similarité. 	| 	[30] 
+| 	Dunn Index 	| 	Métrique interne, évaluant un compromis entre une distances caractéristique inter et intra cluster. 	| 	[31] 
+| 	DBCV 	| 	Métrique interne pour l’évalutation de méthodes de clustering à densité. 	| 	[32] 
+| 	Rand Index 	| 	Métrique externe basée sur la consistance entre deux clustering 	| 	[33] 
+| 	Fowlkes- Mallows score 	| 	Métrique externe comparant les taux d’accord et de désaccord de deux clustering 	| 	[34] 
+| 	Information Mu- tuelle 	| 	Métrique externe basée sur l’entropie conjointe 	| 	[35] 
+| 	V-Measure 	| 	Métrique externe construite à partir des notions de complétude et d’homogénéité 	| 	[36] 

pyproject.toml

@@ -1,6 +1,6 @@
 [tool.poetry]
 name = "checkatlas"
-version = "0.4.11"
+version = "0.4.12"
 description="One liner tool to check the quality of your single-cell atlases."
 authors = ["becavin-lab"]
 readme = "README.md"