diurnality package:unknown R Documentation
CÁLCULO DO ÍNDICE DE DIURNALIDADE
Description:
Função para calcular o índice de diunalidade (Hoogenboom, 1984) usado em estudos de ritmos biológicos. A função pode calcular o índice de diurnalidade usando dados de nascer e pôr-do-sol fornecidos pelo usuário ou calcular esses horários automaticamente pelas coordenadas geográficas do local de coleta. Além disso, produz um gráfico para visualização dos resultados.
Usage:
diurnality(datetime, activity, interval = 1, lat = NULL, lon = NULL, sunrise = NULL, sunset = NULL, graph = TRUE)
Arguments:
datetime: Um vetor da classe POSIXct que corresponde a data e o horário das coletas de dados.
activity: Um vetor numérico que corresponde a atividade exibida em cada ponto de coleta de dados.
interval: Número >= 1 que corresponde ao intervalo no qual o indíce de diurnalidade devera ser calculado. Como padrão o índice é calculado diariamente.
lat: Latitude em valor numérico para cálculo automático da duração do dia.
lon: Longitude em valor numérico para cálculo automático da duração do dia.
sunrise: Caracter em formato HH:MM. Horário de nascer do sol para cálculo da duração do dia. Caso 'sunrise' e 'sunset' sejam fornecidos a duração do dia se manterá a mesma ao longo do tempo.
sunset: Caracter em formato HH:MM. Horário de pôr-do-sol para cálculo da duração do dia. Caso 'sunrise' e 'sunset' sejam fornecidos a duração do dia se manterá a mesma ao longo do tempo.
graph: Logical. TRUE para exibição do gráfico. FALSE para não exibir o gráfico.
Details:
O índice de diurnalidade é calculado de acordo com a atividade exibida durante o dia ou durante a noite. Em casos onde a coleta de dados se extenda por um longo período de tempo, a duração do dia pode ser calculada automaticamente caso os argumentos 'lat, 'lon' e 'tz' sejam fornecidos. Caso a coleta de dados seja feita em ambiente de laboratório com luminosidade controlada, a duração do dia pode ser fornecida manualmente usando os argumentos 'sunrise' e 'sunset'. Somente um desses conjuntos de argumentos deve ser fornecido.
Value:
Um vetor numérico com os valores dos indíces calculados.
Gráfico de pontos com os valores dos indices de diunalidades calculados em função do tempo.
Warning:
Se algum dos argumentos não for inserido corretamente a função não será executada, retornando uma mensagem de erro para identificação do problema.
Author(s):
Jefferson Silvério
[email protected]
References:
Hoogenboom, I., Daan, S., Dallinga, J.H. et al. Oecologia (1984) 61: 18. https://doi.org/10.1007/BF00379084
See Also:
suncalc
suncalc::getSunlightTimes
Examples:
# generate dummy data
datetime = seq(ISOdate(2018,7,1), ISOdate(2019,7,1), "5 min") # Gera dados de Julho/2018 até Julho/2019 com intevalos de 5 minutos
activity = rpois(length(datetime), 5) # Gera dados de atividade
# calculate indices
diurnality(datetime = datetime, activity = activity, lat = -23.5489, lon = -46.6388) # Coordenadas de SP
diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 5, lat = -23.5489, lon = -46.6388) # Coordenadas de SP, calculado a cada 5 dias
diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 30, lat = -23.5489, lon = -46.6388) # Coordenadas de SP, calculado a cada 30 dias
diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 2, lat = -28.8, lon = -66.934) # Coordenadas de La Rioja, Argentina. Calculado a cada 2 dias
diurnality(datetime = datetime, activity = activity, interval = 5, sunrise = "07:00", sunset = "18:00") # Horário dos crespuculos se mantém constante, calculado a cada 5 dias
# dplyr Examples
big %>%
group_by(id) %>%
do(diurnality = diurnality(datetime = .$timestamp, activity = .$odba, interval = 5))
big %>%
group_by(id) %>%
summarize(diurnality = diurnality(datetime = .$timestamp, activity = .$odba))