awesome-ggplot2

ggplot2に関連するパッケージは現在かなりの数があります。その中から「これはいいね」という素敵なパッケージを集めてまとめることにしました。なお現在試験的に作成しています。

index (追加順)

• ggparallel - カテゴリカル変数間で並行座標プロットをggplot2で描写
• ggExtra - 散布図の周りに周辺分布(ヒストグラム)を同時出力
• ggmap - ggplot2で地図&位置データを活用したプロットを描写
• ggdendro - デンドログラムや樹形図を描写
• ggthemr - テーマ拡張
• ggthemes - テーマ拡張
• GGally - ペアプロットをggplot2で描写など
• ggfortify - 主要パッケージの出力をそのままggplot
• ggmcmc - mcmcの出力を簡単にggplotへ

以下準備・検討中リスト

{pitchRx},{RcmdrPlugin.KMggplot2},{eeptools},{ggsubplot},{popgraph},{PairedData},{ggRandomForests},{xkcd},{COPASutils},{ggROC},{granovaGG},{PKreport},{bdscale},{ggswissmaps},{MCMC.OTU},{gapmap},{ggenealogy},{Rz},{PKgraph},{mapDK},{orgR},{vdmR},{ggtern},{sjPlot},{choroplethr},{ggcyto},{ggtree},{waffle},{cowplot}

パッケージ紹介

ggparallel

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
• 概要
  • ggplot2を利用して並行座標プロットを描きます
  • カテゴリカル変数間で、水準間にどの程度つながりがあるかをリボンでつなぐことで図示しています
  • 図示するパターンがいくつかあり、オプションを設定することで色々できます
  • もちろんggplot2を利用していますので、Scalesなどにも対応
• サンプルコード
  • ggparallel::ggparallel()のヘルプをご覧ください。
  • 上記のExampleを実行・解説したサンプル: RPubs - gparallel_Example
• インストール
  • CRANよりインストール

install.packages("ggparallel")

ggExtra

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
• 概要
  • ggplot2で描写した散布図に、x and/or yの周辺度数の分布を加えてくれるパッケージ
  • メイン機能ggMarginal()にggplot()で作成したオブジェクトを放り込むと作成可能
  • > ggmarginal(data=mtcars,x="wt",y="mpg")というようにデータから直接でも可能
• サンプルコード
  • 基本的な使い方はGitHubもしくはパッケージ内vignetteを
  • デモとコード生成をしてくれるShiny appがありますのでぜひチェックしてください。
• インストール
  • CRANよりインストール

install.packages("ggExtra")

ggmap

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
• 概要
  • ggplotで地図(GoogleMap, OpenStreetMapなど)を描く&地図上にプロットを描くパッケージ
  • get_map()でMapオブジェクト(表示させる地図データ)を設置
  • ggmap()でMapオブジェクトをplot
  • geocode()(地名から緯度経度を出力)やrevgeocode()(緯度経度から住所を出力)も便利
  • ggimage(hadley)であの方が…
• サンプルコード
  • 極々基本的な使い方はGitHubを
  • サンプル: 地図を描きたい俺はgoogleVisパッケージかggmapパッケージかどちらを使おうか迷うが、静的な地図を描きたい場合はggmapで良いみたい
• インストール
  • CRANよりインストール

install.packages("ggmap")

ggdendro

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
• 概要
  • ggplotを使ってデンドログラムや樹形図を描かせるパッケージ
  • 基本関数ggdendrogram()では、出力オブジェクトはggplotクラスで返します
  • dendro_data()関数を使えば、デンドログラムなどの出力結果をggplot()に放り込めるデータ型へ変換
  • hclustやtree、dendrogramやrpartクラスに対応
• サンプルコードなど
  • 基本的な使い方はパッケージのvignetteを
  • 上記を参考に作成したサンプル: RPubs - ggdendroのテスト
• インストール
  • CRANよりインストール

install.packages("ggdendro")

ggthemr

• サイトリンク
  • GitHub
• 概要
  • ggplotオブジェクトにテーマを自動的に割り当てることができる拡張パッケージです
  • 事前にggthemr('sea')のようにテーマをセットすれば、以降自動的にそのテーマでggplotされます
  • 解除したいときはggthemr_reset()を実行
  • 他にもレイアウトやスペースなどを設定可能
• サンプルコードなど
  • 各テーマの例はGitHubを
  • メイン関数ggthemrについてはHow to use the ggthemr R function | Rdocumentationを
• インストール
  • GitHubよりインストール

library("devtools")
install_github('ggthemr', 'cttobin')

ggthemes

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
• 概要
  • ggplot2にテーマ設定を簡単に当てることができるようになる拡張パッケージです
  • + theme_stata()のようにtheme_(テーマ名)と追加するだけで変更可能
  • Scalesについてもカラーパターンが色々準備されています
  • + theme_excel()であのグラフが眼前に蘇ります
• サンプルコードなど
  • 基本的な使い方およびサンプルコードはGitHubを
  • 上のREADME.mdの内容は`vignette("ggthemes")でも確認できます(html)
• インストール
  • CRANよりインストール(Windowsでは事前にRtoolsのインストールが必要)

install.packages("ggthemes", dependencies=TRUE)

GGally

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
• 概要
  • ggplot2での作画を補助・拡張するパッケージです
  • ggpairs()でペアプロット図をggplot2出力で描くことが可能
  • titleなどのオプションの指定はggplot2とは異なり関数内オプションでそのまま記述
  • ggnet()はggplot2を使ってigraphornetworkclassのオブジェクトからネットワークプロットを作成
• サンプルコードなど
  • 基本的な使い方はggpairs()のヘルプを
  • サンプル: 美しいペアプロット図を簡単に作る - My Life as a Mock Quant
  • サンプル: 美しいペアプロット図を簡単に作る - 驚異のアニヲタ社会復帰への道
• インストール
  • CRANよりインストール

install.packages("GGally", dependencies=TRUE)

ggfortify

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
• 概要
  • 一般的なRパッケージでggplot2をスムーズに使えるようにしたパッケージです
  • カバーしているパッケージが非常に多く、また設定も簡単に行えます
• サンプルコードなど
  • 解説およびサンプルは上記GitHubのリンクを参照してください
  • サンプル: RPubs - Concepts and Basics of ggfortify
• インストール
  • CRANよりインストール

install.packages("ggfortify", dependencies=TRUE)

ggmcmc

• サイトリンク
  • GitHub
  • CRAN
  • サイト
• 概要
  • ggplot2を使ってMCMCの実行結果を容易に可視化するパッケージです。
  • JAGSに加えてMCMCpack、rstanなどの出力に対応しています。
• 解説・サンプルコードなど
  • 解説及びサンプルは上記サイトのリンクを参照してください
  • サンプル: RPubs - Plotting Stan results with ggmcmc
• インストール
  • CRANミラーよりインストール

install.packages("ggmcmc", dependencies=TRUE)