DISCLAIMERS:
This pipeline detects and quantifies Endogenous Retroviruses using the scripts obtained from the Belkaid group.
⠠⠵ ./erv
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Welcome to
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... v1.0.0
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This pipeline was built by CCBR (https://bioinformatics.ccr.cancer.gov/ccbr)
Please contact Vishal Koparde for comments/questions ([email protected])
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Here is a list of genome supported by this pipeline:
* hg38 [Human]
* mm10 [Mouse]
USAGE:
/path/to/erv -w/--workdir=<WORKDIR> -m/--runmode=<RUNMODE>
Required Arguments:
1. WORKDIR : [Type: String]: Absolute or relative path to the output folder with write permissions.
2. RUNMODE : [Type: String] Valid options:
* init : initialize workdir
* dryrun : dry run snakemake to generate DAG
* run : run with slurm
* runlocal : run without submitting to sbatch
ADVANCED RUNMODES (use with caution!!)
* unlock : unlock WORKDIR if locked by snakemake NEVER UNLOCK WORKDIR WHERE PIPELINE IS CURRENTLY RUNNING!
* reconfig : recreate config file in WORKDIR (debugging option) EDITS TO config.yaml WILL BE LOST!
* recopy : recreate tools.yaml, cluster.yaml and scriptsdir in WORKDIR (debugging option) EDITS TO these files WILL BE LOST!
* reset : DELETE workdir dir and re-init it (debugging option) EDITS TO ALL FILES IN WORKDIR WILL BE LOST!
* local : same as runlocal
Optional Arguments:
--genome|-g : genome eg. hg38(default) or mm10
--manifest|-s : absolute path to samples.tsv. This will be copied to output folder (--runmode=init only)
--help|-h : print this help
Example commands:
./erv -w=/my/output/folder -m=init [ -g="mm10" -s="/path/to/sample.tsv" ]
./erv -w=/my/output/folder -m=dryrun
./erv -w=/my/output/folder -m=run
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VersionInfo:
python : 3.10
snakemake : 7.32.3
pipeline_home : /vf/users/EVset_RNAseq/Pipelines/ERVPipeline/dev
git commit/tag : d74ba8f364c0f20d5cf175bb2568783c2abd8c56
pipeline_version: v1.0.0
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Please see resources page for details.
This pipeline is located at /data/EVset_RNAseq/Pipelines/ERVPipeline
on BIOWULF.
Refer complete documentation for more details.
Please reach out to Vishal Koparde, Ph.D. from CCBR for comments/questions/requests/etc.